źródło obrazu: ARIMAG /.com
pamiętasz ostatni raz, kiedy twoje rury wykazały krople kondensacji po inkubacji temperatury w termobloku lub termomikserze? W końcu doszło nawet do utraty wydajności w reakcji enzymatycznej.
co to jest kondensacja?
kondensacja jest definiowana jako zmiana z fazy gazowej w fazę ciekłą. Kondensacja jest odwrotnym procesem parowania. Proces kondensacji zachodzi, gdy para jest nasycona i styka się z zimną (lub zimniejszą) powierzchnią w porównaniu do jej pochodzenia.
im wyższa delta temperatury między najcieplejszym a najzimniejszym miejscem w zamkniętym systemie, tym szybciej uzyskasz kondensację. Microtube jest systemem doskonale zamkniętym.
wiele reakcji wymaga specyficznych temperatur powyżej temperatur pokojowych, takich jak 37°C, 42°C, 95°C itp. W rezultacie etap inkubacji trwający 30 minut w temperaturze np. 65°C kończy się warstwą kropelek kondensatu w pokrywie probówki. Można pomyśleć, że jeden obrót w wirówce i 100% próbki jest z powrotem na dnie mikrotube. Proces ten rzeczywiście pomaga przywrócić krople kondensacji do próbki.
ale nadal może być problem z wykonaną reakcją, która odbywa się po rozpoczęciu etapu wirowania. Odczynniki potrzebują stałych warunków dla procesów molekularnych, takich jak ligacja, amplifikacja, translacja, ograniczenie lub cokolwiek reakcja enzymatyczna musi być przeprowadzona.
reaktywność enzymu zależy od temperatury, dostępności partnerów reakcji, ale także od stężenia soli w próbce. Przy założeniu testu enzymatycznego 25 µL, w którym stężenie soli wynosi np. 5%. Ponieważ proces kondensacji jest ograniczony do cieczy, obliczony 3 µL kondensatu w pokrywie zwiększa stężenie soli w pozostałej próbce na dnie probówki podczas etapu reakcji enzymatycznej o prawie 14 %.
(zasada ogólna: 5% 25 µL objętości reakcji: 1,25 µg soli, 22 µL cieczy włącznie. sól pozostaje po kondensacji, jest to obecnie 5,682% całkowitej objętości, co powoduje 13,6% wyższe stężenie soli)
to zwiększone stężenie soli prawdopodobnie nie zatrzyma reakcji, ale może wpłynąć na wydajność enzymu, co skutkuje inną wydajnością niż jest to możliwe w zoptymalizowanych warunkach. Podsumowując, brakuje Ci stałych/ powtarzalnych i wydajnych warunków.
istnieje prosty i wygodny sposób na uniknięcie kondensacji: utrzymuj próbki cieczy jako „najzimniejsze miejsce” w probówce reakcyjnej. Na pewno temperatura reakcji jest ustawiona na np. 70°C. Jak postępować?
jednym z rozwiązań może być przeciwgrzewanie od góry naczynia przez podgrzewaną pokrywę.