El cristianismo se estableció en Nigeria con la llegada en 1842 de un misionero de la Iglesia Metodista Wesleyana. Había venido en respuesta a la petición de misioneros de los ex esclavos que regresaron a Nigeria desde Sierra Leona. Desde las estaciones misioneras establecidas en Badagry y Abeokuta, la iglesia metodista se extendió a varias partes del país al oeste del río Níger y parte del norte. En 1893 llegaron misioneros de la Primitiva Iglesia Metodista de Fernando Po, una isla en la costa sur de Nigeria. Desde allí, la Iglesia metodista se extendió a otras partes del país, al este del río Níger y también a partes del norte. La iglesia al oeste del río Níger y parte del norte era conocida como el Distrito de Nigeria Occidental y al este del Níger y otra parte del norte como el Distrito de Nigeria Oriental. Ambos existieron de forma independiente el uno del otro hasta 1962, cuando constituyeron la Conferencia de la Iglesia Metodista de Nigeria. La conferencia se compone de siete distritos. La iglesia ha continuado extendiéndose a nuevas áreas y ha establecido un departamento de alcance / evan-gelismo y ha nombrado a un director de evangelización. Un sistema episcopal adoptado en 1976 no fue totalmente aceptado por todas las secciones de la iglesia hasta que las dos partes se unieron y resolvieron poner fin al desacuerdo. En 1990 se ratificó una nueva Constitución. El sistema sigue siendo episcopal, pero los puntos que causaron descontento se modificaron para que fueran aceptables para ambas partes.
La Iglesia Metodista de Nigeria (MCN) ha estado a la vanguardia de la transformación espiritual y social, difundiendo la santidad espiritual e invirtiendo en servicios médicos y de salud y bienestar social y económico de la gente. La iglesia ha establecido varias instituciones, como el centro para la lepra, tres centros para enfermos mentales y un orfanato para niños huérfanos a causa del VIH/SIDA. Estos centros llegan a los miembros rechazados y menos privilegiados de la sociedad. También garantizan la reintegración de las personas que antes eran tratadas como marginadas y sometidas a diversos abusos sociales. En el área de la salud, MCN ha establecido el Hospital Wesley Guild y varios hospitales metodistas repartidos por todo el país que brindan buenos servicios de atención médica en sus entornos. Además de todos los demás servicios, MCN ha puesto desde el principio un fuerte énfasis en la necesidad de educación. En todo el país, la iglesia ha establecido numerosas escuelas, desde el jardín de infantes hasta las escuelas primarias y secundarias superiores y las instituciones teológicas, que han producido hombres y mujeres que han contribuido y siguen contribuyendo de manera muy significativa a todas las esferas de la actividad humana. Se ha tomado la decisión de establecer la Universidad Wesley de Ciencia y Tecnología (WUSTO) en Ondo, zona sudoccidental de Nigeria, con campus satélite en las seis zonas geopolíticas del país.
La Iglesia Metodista de Nigeria está encabezada por el prelado, que preside la conferencia, el órgano rector general de la iglesia. Esta conferencia se reúne cada dos años para deliberar y tomar decisiones sobre todos los asuntos que afectan la vida de la iglesia. El área de conferencias está dividida en ocho arquidiócesis. Cada arquidiócesis está compuesta por no menos de cuatro diócesis sobre las que un arzobispo preside las reuniones del consejo arquidiocesano. Hay 44 diócesis, cada una compuesta de varios circuitos y encabezada por un obispo que preside el sínodo anual. La constitución de la iglesia prevé la participación de laicos en el liderazgo de la iglesia, desde la iglesia local hasta el nivel de conferencia.