Il cristianesimo è stato istituito in Nigeria con l’arrivo in 1842 di un missionario della Chiesa metodista Wesleyan. Era venuto in risposta alla richiesta di missionari da parte degli ex schiavi tornati in Nigeria dalla Sierra Leone. Dalle stazioni missionarie stabilite a Badagry e Abeokuta, la chiesa metodista si diffuse in varie parti del paese ad ovest del fiume Niger e in parte del nord. Nel 1893 i missionari della Primitiva Chiesa metodista arrivarono da Fernando Po, un’isola al largo della costa meridionale della Nigeria. Da lì la Chiesa metodista si diffuse in altre parti del paese, ad est del fiume Niger e anche in parti del nord. La chiesa ad ovest del fiume Niger e parte del nord era conosciuta come Distretto della Nigeria occidentale e ad est del Niger e un’altra parte del nord come distretto della Nigeria orientale. Entrambi esistevano indipendentemente l’uno dall’altro fino a 1962 quando costituirono la Conferenza della Chiesa metodista della Nigeria. La conferenza è composta da sette distretti. La chiesa ha continuato a diffondersi in nuove aree e ha istituito un dipartimento per l’outreach / evan-gelism e nominato un direttore dell’evangelismo. Un sistema episcopale adottato nel 1976 non è stato pienamente accettato da tutte le sezioni della chiesa fino a quando le due parti si sono riuniti e hanno deciso di porre fine al disaccordo. Una nuova costituzione è stata ratificata nel 1990. Il sistema è ancora episcopale, ma i punti che hanno causato malcontento sono stati modificati per essere accettabile per entrambe le parti.
La Chiesa metodista Nigeria (MCN) è stata in prima linea nella trasformazione spirituale e sociale, diffondendo la santità spirituale e investendo nei servizi medico-sanitari e nel benessere socio-economico del popolo. La chiesa ha creato diverse istituzioni come il centro per la lebbra, tre centri per malati di mente e un orfanotrofio per bambini orfani di HIV / AIDS. Questi centri raggiungono i membri della società respinti e meno privilegiati. Garantiscono inoltre la reintegrazione di coloro che in precedenza erano stati trattati come emarginati e sottoposti a vari abusi sociali. Nel settore della salute MCN ha istituito il Wesley Guild Hospital e diversi ospedali metodisti sparsi in tutto il paese che forniscono buoni servizi sanitari nei loro ambienti. Oltre a tutti gli altri servizi MCN ha fin dall’inizio posto un accento molto forte sulla necessità di istruzione. In tutto il paese la chiesa ha istituito numerose scuole, dalla scuola materna alla scuola primaria fino alle scuole secondarie superiori e istituzioni teologiche che hanno prodotto uomini e donne che hanno contribuito e stanno ancora contribuendo in modo molto significativo a tutte le sfere dello sforzo umano. Ora è stata presa la decisione di istituire la Wesley University of Science and Technology (WUSTO) a On, nell’area sud-occidentale della Nigeria, con campus satellitari nelle sei zone geo-politiche del paese.
La Chiesa metodista Nigeria è guidata dal prelato, che presiede la conferenza, l’organo di governo generale della chiesa. Questa conferenza si riunisce ogni due anni per deliberare e prendere decisioni su tutte le questioni che riguardano la vita della chiesa. L’area conferenze è divisa in otto arcidiocesi. Ogni arcidiocesi è composta da non meno di quattro diocesi su cui un arcivescovo presiede le riunioni del consiglio arcidiocesano. Ci sono 44 diocesi, ciascuna composta da una serie di circuiti e guidata da un vescovo che presiede il sinodo annuale. La costituzione della chiesa prevede la partecipazione laica alla guida della chiesa dalla chiesa locale fino al livello delle conferenze.