Das Christentum wurde in Nigeria mit der Ankunft eines Missionars der Wesleyan Methodist Church im Jahr 1842 gegründet. Er war als Antwort auf die Bitte der Ex-Sklaven, die aus Sierra Leone nach Nigeria zurückgekehrt waren, um Missionare gekommen. Von den Missionsstationen in Badagry und Abeokuta aus breitete sich die methodistische Kirche auf verschiedene Teile des Landes westlich des Flusses Niger und einen Teil des Nordens aus. 1893 kamen Missionare der Primitive Methodist Church von Fernando Po, einer Insel vor der Südküste Nigerias. Von dort aus verbreitete sich die methodistische Kirche in andere Teile des Landes, östlich des Flusses Niger und auch in Teile des Nordens. Die Kirche westlich des Flusses Niger und ein Teil des Nordens war als Westnigeria-Distrikt und östlich des Niger und ein anderer Teil des Nordens als Ostnigeria-Distrikt bekannt. Beide existierten unabhängig voneinander bis 1962, als sie die Konferenz der Methodistischen Kirche Nigeria bildeten. Die Konferenz besteht aus sieben Distrikten. Die Kirche hat sich weiter in neue Gebiete ausgebreitet und eine Abteilung für Öffentlichkeitsarbeit / Evangelisation eingerichtet und einen Direktor für Evangelisation ernannt. Ein 1976 angenommenes bischöfliches System wurde von allen Teilen der Kirche nicht vollständig akzeptiert, bis die beiden Seiten zusammenkamen und beschlossen, die Meinungsverschiedenheit zu beenden. 1990 wurde eine neue Verfassung ratifiziert. Das System ist immer noch bischöflich, aber die Punkte, die Unzufriedenheit verursachten, wurden geändert, um für beide Seiten akzeptabel zu sein.
Die Methodistische Kirche Nigeria (MCN) war an vorderster Front der spirituellen und sozialen Transformation, indem sie spirituelle Heiligkeit verbreitete und in medizinische Gesundheitsdienste und sozialökonomisches Wohlergehen der Menschen investierte. Die Kirche hat verschiedene Einrichtungen wie das Leprazentrum, drei Zentren für psychisch Kranke und Mittellose sowie ein Waisenhaus für HIV/AIDS-Waisen eingerichtet. Diese Zentren erreichen die abgelehnten und weniger privilegierten Mitglieder der Gesellschaft. Sie sorgen auch für die Wiedereingliederung derjenigen, die zuvor als Ausgestoßene behandelt und verschiedenen gesellschaftlichen Missbräuchen ausgesetzt waren. Im Gesundheitsbereich hat MCN das Wesley Guild Hospital und mehrere methodistische Krankenhäuser im ganzen Land eingerichtet, die in ihrem Umfeld gute Gesundheitsdienste anbieten. Neben allen anderen Dienstleistungen hat MCN von Anfang an einen sehr starken Schwerpunkt auf den Bedarf an Bildung gelegt. Im ganzen Land hat die Kirche zahlreiche Schulen gegründet, vom Kindergarten über die Grundschule bis zur Oberstufe und theologische Einrichtungen, die Männer und Frauen hervorgebracht haben, die in allen Bereichen des menschlichen Strebens einen bedeutenden Beitrag geleistet haben und noch leisten. Es wurde nun beschlossen, die Wesley University of Science and Technology (WUSTO) in Ondo im Südwesten Nigerias mit Satellitencampus in den sechs geopolitischen Zonen des Landes zu errichten.
Die Methodistische Kirche Nigeria wird vom Prälaten geleitet, der der Konferenz, dem gesamten Leitungsgremium der Kirche, vorsteht. Diese Konferenz tritt alle zwei Jahre zusammen, um über alle Fragen zu beraten und Entscheidungen zu treffen, die das Leben der Kirche betreffen. Der Tagungsbereich gliedert sich in acht Erzdiözesen. Jede Erzdiözese besteht aus mindestens vier Diözesen, denen ein Erzbischof bei den Sitzungen des Erzdiözesanrates vorsteht. Es gibt 44 Diözesen, die jeweils aus einer Reihe von Kreisen bestehen und von einem Bischof geleitet werden, der der jährlichen Synode vorsteht. Die Verfassung der Kirche sieht eine Beteiligung der Laien an der Führung der Kirche von der Ortskirche bis zur Konferenzebene vor.