chrześcijaństwo powstało w Nigerii wraz z przybyciem w 1842 misjonarza Kościoła Metodystycznego Wesleyan. Przybył w odpowiedzi na prośbę o misjonarzy ze strony byłych niewolników, którzy powrócili do Nigerii ze Sierra Leone. Ze stacji misyjnych założonych w Badagry i Abeokuta Kościół Metodystyczny rozprzestrzenił się na różne części kraju na zachód od rzeki Niger I część północy. W 1893 roku misjonarze prymitywnego Kościoła Metodystycznego przybyli z Fernando Po, Wyspy u południowych wybrzeży Nigerii. Stamtąd Kościół Metodystyczny rozprzestrzenił się na inne części kraju, na wschód od rzeki Niger, a także na części północy. Kościół na zachód od rzeki Niger I część północy był znany jako Dystrykt zachodniej Nigerii, a na wschód od Nigru, a druga część północy jako Dystrykt wschodniej Nigerii. Oba istniały niezależnie od siebie do 1962 roku, kiedy to utworzyły konferencję Kościoła Metodystycznego. W skład konferencji wchodzi siedem okręgów. Kościół w dalszym ciągu rozprzestrzeniał się na nowe obszary i utworzył wydział ds. ewangelizacji i wyznaczył dyrektora ds. ewangelizacji. System episkopalny przyjęty w 1976 r.nie został w pełni zaakceptowany przez wszystkie sekcje kościoła, dopóki obie strony nie połączyły się i nie postanowiły zakończyć sporu. W 1990 roku ratyfikowano nową konstytucję. System jest nadal episkopalny, ale punkty, które wywołały niezadowolenie, zostały zmienione, aby były akceptowalne dla obu stron.
Kościół Metodystyczny w Nigerii (MCN) stał na czele duchowej i społecznej transformacji, szerząc duchową świętość i inwestując w usługi medyczno-zdrowotne i społeczno-ekonomiczne dobro narodu. Kościół założył różne instytucje, takie jak ośrodek dla trądów, trzy ośrodki dla chorych psychicznie i ośrodek dla sierocińców dla dzieci osieroconych przez HIV/AIDS. Ośrodki te docierają do odrzuconych i mniej uprzywilejowanych członków społeczeństwa. Zapewniają one również reintegrację osób wcześniej traktowanych jako wyrzutki i poddawanych różnym nadużyciom społecznym. W dziedzinie zdrowia MCN założył Wesley Guild Hospital i kilka Metodystycznych szpitali rozsianych po całym kraju, które zapewniają dobrą opiekę zdrowotną w swoich środowiskach. Oprócz wszystkich innych usług MCN od początku kładł bardzo silny nacisk na potrzebę edukacji. W całym kraju Kościół założył wiele szkół, od przedszkoli, przez szkoły podstawowe, po szkoły średnie i instytucje teologiczne, które stworzyły mężczyzn i kobiety, którzy przyczynili się i nadal w znacznym stopniu przyczyniają się do wszystkich sfer ludzkich wysiłków. Obecnie podjęto decyzję o utworzeniu Wesley University of Science and Technology (Wusto) w Ondo, południowo-zachodniej części Nigerii, z kampusami satelitarnymi w sześciu strefach geopolitycznych kraju.
na czele Kościoła Metodystycznego stoi prałat, który przewodniczy konferencji, całemu organowi zarządzającemu kościołem. Konferencja ta spotyka się co dwa lata, aby rozważać i podejmować decyzje we wszystkich kwestiach mających wpływ na życie Kościoła. Teren konferencji podzielony jest na osiem Archidiecezji. Każda archidiecezja składa się z nie mniej niż czterech diecezji, nad którymi na posiedzeniach Rady Archidiecezjalnej przewodniczy arcybiskup. Istnieją 44 diecezje, z których każda składa się z kilku obwodów i kieruje nią biskup, który przewodniczy corocznemu synodowi. Konstytucja kościoła przewiduje świecki udział w kierowaniu kościołem od Kościoła lokalnego do poziomu konferencji.