kristendommen blev etableret i Nigeria med ankomsten i 1842 af en Metodistkirke missionær. Han var kommet som svar på anmodningen om missionærer fra de tidligere slaver, der vendte tilbage til Nigeria fra Sierra Leone. Fra missionsstationerne etableret i Badagry og Abeokuta spredte Metodistkirken sig til forskellige dele af landet vest for floden Niger og en del af Nord. I 1893 ankom missionærer fra den Primitive Metodistkirke fra Fernando Po, en ø ud for Nigerias sydlige kyst. Derfra spredte Metodistkirken sig til andre dele af landet, øst for floden Niger og også til dele af Nord. Kirken vest for floden Niger og en del af nord var kendt som det vestlige Nigeria-distrikt og øst for Niger og en anden del af nord som det østlige Nigeria-distrikt. Begge eksisterede uafhængigt af hinanden indtil 1962, da de udgjorde konferencen for Methodist Church Nigeria. Konferencen består af syv distrikter. Kirken har fortsat spredt sig til nye områder og har etableret en afdeling for opsøgende/evan-gelism og udnævnt til direktør for evangelisering. Et biskopssystem, der blev vedtaget i 1976, blev ikke fuldt ud accepteret af alle dele af kirken, før de to sider kom sammen og besluttede at afslutte uenigheden. En ny forfatning blev ratificeret i 1990. Systemet er stadig biskopeligt, men de punkter, der forårsagede utilfredshed, blev ændret for at være acceptable for begge sider.
Metodistkirken Nigeria (MCN) har været i spidsen for åndelig og social transformation ved at sprede åndelig hellighed og investere i medicinsk-sundhedsydelser og social-økonomisk velfærd for folket. Kirken har etableret forskellige institutioner som spedalskhed Center, tre psykisk syge-nødlidende Centre, og et børnehjem Center, for børn forældreløse af HIV/AIDS. Disse centre når ud til de afviste og mindre privilegerede medlemmer af samfundet. De sikrer også reintegration af dem, der tidligere blev behandlet som udstødte og udsat for forskellige samfundsmæssige misbrug. Inden for sundhedsområdet har MCN etableret hospitalet og flere Metodisthospitaler spredt over hele landet, der leverer gode sundhedsydelser i deres omgivelser. Ud over alle andre tjenester har MCN fra starten lagt meget stor vægt på behovet for uddannelse. I hele landet har kirken etableret adskillige skoler, fra børnehave gennem grundskoler til gymnasier og teologiske institutioner, der har produceret mænd og kvinder, der har bidraget og stadig bidrager meget markant til alle områder af menneskelig bestræbelse. Der er nu truffet beslutning om at etablere et universitet for videnskab og teknologi i Ondo, det sydvestlige område af Nigeria, med satellitcampusser i de seks geopolitiske områder i landet.
Metodistkirken Nigeria ledes af prælaten, der præsiderer konferencen, kirkens overordnede styrende organ. Denne konference mødes hvert andet år for at overveje og træffe beslutninger om alle spørgsmål, der påvirker Kirkens liv. Konferenceområdet er opdelt i otte ærkebispedømmer. Hvert ærkebispedømme består af ikke mindre end fire bispedømmer, som en ærkebiskop præsiderer på ærkebispedømmets rådsmøder. Der er 44 bispedømmer, der hver består af et antal kredsløb og ledes af en biskop, der præsiderer den årlige synode. Kirkens forfatning giver mulighed for lægdeltagelse i kirkens ledelse fra den lokale kirke til konferenceniveau.