Le christianisme a été établi au Nigeria avec l’arrivée en 1842 d’un missionnaire de l’Église méthodiste wesleyenne. Il était venu en réponse à la demande de missionnaires des ex-esclaves revenus de Sierra Leone au Nigeria. À partir des stations missionnaires établies à Badagry et Abeokuta, l’église méthodiste s’est répandue dans diverses parties du pays à l’ouest du fleuve Niger et dans une partie du nord. En 1893, des missionnaires de l’Église méthodiste primitive sont arrivés de Fernando Po, une île au large de la côte sud du Nigeria. De là, l’Église méthodiste s’est répandue dans d’autres parties du pays, à l’est du fleuve Niger et aussi dans certaines parties du nord. L’église à l’ouest du fleuve Niger et une partie du nord était connue sous le nom de District de l’Ouest du Nigeria et à l’est du Niger et une autre partie du nord sous le nom de District de l’Est du Nigeria. Les deux ont existé indépendamment l’un de l’autre jusqu’en 1962, date à laquelle ils ont constitué la Conférence de l’Église méthodiste du Nigeria. La conférence est composée de sept districts. L’Église a continué de s’étendre dans de nouveaux domaines et a créé un département de sensibilisation / evan-gélisme et nommé un directeur de l’évangélisation. Un système épiscopal adopté en 1976 n’a pas été pleinement accepté par toutes les sections de l’Église jusqu’à ce que les deux parties se soient réunies et aient résolu de mettre fin au désaccord. Une nouvelle constitution a été ratifiée en 1990. Le système est toujours épiscopal, mais les points qui ont provoqué le mécontentement ont été modifiés pour être acceptables pour les deux parties.
L’Église méthodiste du Nigeria (MCN) a été à l’avant-garde de la transformation spirituelle et sociale, en diffusant la sainteté spirituelle et en investissant dans les services médicaux et de santé et le bien-être socio-économique du peuple. L’Église a créé diverses institutions comme le centre de la lèpre, trois centres de malades mentaux démunis et un centre d’orphelinat pour les enfants orphelins du VIH/SIDA. Ces centres s’adressent aux membres rejetés et moins privilégiés de la société. Ils assurent également la réintégration de ceux qui étaient auparavant traités comme des parias et soumis à divers abus sociétaux. Dans le domaine de la santé, MCN a créé l’hôpital Wesley Guild et plusieurs hôpitaux méthodistes répartis dans tout le pays qui fournissent de bons services de santé dans leurs environnements. En plus de tous les autres services, MCN a dès le début mis l’accent sur la nécessité de l’éducation. Dans tout le pays, l’Église a créé de nombreuses écoles, de la maternelle au primaire en passant par les écoles secondaires supérieures et les institutions théologiques qui ont produit des hommes et des femmes qui ont contribué et contribuent encore de manière très significative à tous les domaines de l’activité humaine. La décision a maintenant été prise d’établir l’Université Wesley des Sciences et de la Technologie (WUSTO) à Ondo, dans la région du sud-ouest du Nigeria, avec des campus satellites dans les six zones géopolitiques du pays.
L’Église méthodiste du Nigeria est dirigée par le prélat, qui préside la conférence, l’organe directeur général de l’Église. Cette conférence se réunit tous les deux ans pour délibérer et prendre des décisions sur toutes les questions qui affectent la vie de l’Église. La zone de conférence est divisée en huit archidiocèses. Chaque archidiocèse est composé d’au moins quatre diocèses dont un archevêque préside les réunions du conseil archidiocésain. Il y a 44 diocèses, chacun composé d’un certain nombre de circuits et dirigé par un évêque qui préside le synode annuel. La constitution de l’église prévoit la participation des laïcs à la direction de l’église, de l’église locale jusqu’au niveau de la conférence.