creștinismul a fost înființat în Nigeria odată cu sosirea în 1842 a unui misionar al Bisericii Metodiste Wesleyan. El venise ca răspuns la cererea de misionari a foștilor sclavi care s-au întors în Nigeria Din Sierra Leone. Din stațiile de misiune stabilite în Badagry și Abeokuta, Biserica Metodistă s-a răspândit în diferite părți ale țării la vest de Râul Niger și o parte din nord. În 1893 misionarii Bisericii Metodiste Primitive au sosit din Fernando Po, o insulă de pe coasta de sud a Nigeriei. De acolo Biserica Metodistă s-a răspândit în alte părți ale țării, la est de Râul Niger și, de asemenea, în părți din nord. Biserica la vest de Râul Niger și o parte din nord era cunoscută sub numele de districtul Nigeria de Vest și la est de Niger și o altă parte a nordului sub numele de districtul Nigeria de Est. Ambele au existat independent unul de celălalt până în 1962, când au constituit Conferința Bisericii Metodiste Nigeria. Conferința este compusă din șapte districte. Biserica a continuat să se răspândească în noi domenii și a înființat un departament pentru outreach/Evan-gelism și a numit un director de evanghelizare. Un sistem episcopal adoptat în 1976 nu a fost pe deplin acceptat de toate secțiunile bisericii până când cele două părți s-au reunit și au decis să pună capăt dezacordului. O nouă constituție a fost ratificată în 1990. Sistemul este încă episcopal, dar punctele care au provocat nemulțumiri au fost modificate pentru a fi acceptabile pentru ambele părți.
Biserica Metodistă Nigeria (MCN) a fost în fruntea transformării spirituale și sociale, răspândind sfințenia spirituală și investind în serviciile medicale și de sănătate și bunăstarea social-economică a poporului. Biserica a înființat diverse instituții, cum ar fi Centrul de lepră, trei centre de bolnavi mintali și un centru de orfelinat, pentru copiii orfani de HIV/SIDA. Aceste centre se adresează membrilor respinși și mai puțin privilegiați ai societății. Ele asigură, de asemenea, reintegrarea celor tratați anterior ca proscriși și supuși diferitelor abuzuri sociale. În domeniul sănătății, MCN a înființat Spitalul Wesley Guild și mai multe spitale Metodiste răspândite în țară, care oferă servicii medicale bune în mediile lor. În plus față de toate celelalte servicii MCN a pus de la început un accent foarte puternic pe nevoia de educație. În întreaga țară, biserica a înființat numeroase școli, de la grădiniță până la școli primare până la licee și instituții teologice care au produs bărbați și femei care au contribuit și încă contribuie foarte semnificativ la toate sferele efortului uman. Decizia a fost luată acum pentru a înființa Universitatea de știință și Tehnologie Wesley (WUSTO) din Ondo, zona de sud-vest a Nigeriei, cu campusuri satelit în cele șase zone geo-politice ale țării.
Biserica Metodistă Nigeria este condusă de prelat, care prezidează Conferința, organul general de conducere al Bisericii. Această conferință se întrunește la fiecare doi ani pentru a delibera și a lua decizii cu privire la toate problemele care afectează viața bisericii. Zona conferinței este împărțită în opt arhiepiscopii. Fiecare Arhiepiscopie este compusă din nu mai puțin de patru eparhii peste care un arhiepiscop prezidează la ședințele Consiliului arhiepiscopal. Există 44 de eparhii, fiecare alcătuită dintr-un număr de circuite și condusă de un episcop care prezidează Sinodul anual. Constituția Bisericii prevede participarea laică la conducerea bisericii de la biserica locală până la nivelul conferinței.