kristendomen grundades i Nigeria med ankomsten i 1842 av en Wesleyan Methodist Church missionär. Han hade kommit som svar på begäran om missionärer från ex-slavar som återvände till Nigeria från Sierra Leone. Från missionsstationerna etablerade i Badagry och Abeokuta, Metodistkyrkan spred sig till olika delar av landet väster om floden Niger och en del av norr. 1893 kom missionärer från den primitiva Metodistkyrkan från Fernando Po, en ö utanför Nigerias södra kust. Därifrån spred sig Metodistkyrkan till andra delar av landet, öster om floden Niger och även till delar av norr. Kyrkan väster om floden Niger och en del av norr var känd som västra Nigeria-distriktet och öster om Niger och en annan del av norr som östra Nigeria-distriktet. Båda existerade oberoende av varandra fram till 1962 när de utgjorde konferensen för Metodistkyrkan Nigeria. Konferensen består av sju distrikt. Kyrkan har fortsatt att sprida sig till nya områden och har etablerat en avdelning för uppsökande/evan-gelism och utsett en chef för evangelisation. Ett biskopssystem som antogs 1976 accepterades inte fullt ut av alla delar av kyrkan förrän de två sidorna samlades och beslutade att avsluta oenigheten. En ny konstitution ratificerades 1990. Systemet är fortfarande biskops men de punkter som orsakade missnöje ändrades för att vara acceptabla för båda sidor.
Metodistkyrkan Nigeria (MCN) har varit i framkant av andlig och social omvandling genom att sprida andlig helighet och investera i medicinsk hälsovård och social-ekonomisk välfärd för folket. Kyrkan har inrättat olika institutioner som spetälska center, tre psykiskt sjuka utblottade centra, och ett barnhem Center, för barn föräldralösa av HIV/AIDS. Dessa centra når ut till de avvisade och mindre privilegierade medlemmarna i samhället. De säkerställer också återintegrering av dem som tidigare behandlats som utstötta och utsatts för olika samhällsmissbruk. Inom hälsoområdet har MCN etablerat Wesley Guild Hospital och flera Metodistsjukhus spridda över landet som tillhandahåller bra hälsovårdstjänster i sina miljöer. Utöver alla andra tjänster har MCN från början lagt stor vikt vid behovet av utbildning. I hela landet har kyrkan etablerat många skolor, från dagis till grundskola till gymnasieskolor och teologiska institutioner som har producerat män och kvinnor som har bidragit och fortfarande bidrar mycket väsentligt till alla områden av mänsklig strävan. Beslutet har nu fattats för att etablera Wesley University of Science and Technology (WUSTO) i Ondo, sydvästra delen av Nigeria, med satellitcampus i de sex geopolitiska zonerna i landet.
Metodistkyrkan Nigeria leds av prelaten, som presiderar över konferensen, kyrkans övergripande styrande organ. Denna konferens sammanträder vartannat år för att överlägga och fatta beslut i alla frågor som påverkar kyrkans liv. Konferensområdet är indelat i åtta ärkestiften. Varje ärkestiftet består av inte mindre än fyra stift över vilka en ärkebiskop presiderar vid ärkestiftet rådets möten. Det finns 44 stift, var och en består av ett antal kretsar och leds av en biskop som presiderar över den årliga synoden. Kyrkans konstitution föreskriver lekdeltagande i kyrkans ledning från den lokala kyrkan till konferensnivå.