o Cristianismo foi estabelecido na Nigéria, com a chegada, em 1842, de um Wesleyana da Igreja Metodista missionária. Ele veio em resposta ao pedido de missionários pelos ex-escravos que retornaram da Serra Leoa para a Nigéria. Das estações missionárias estabelecidas em Badagry e Abeokuta, a Igreja Metodista se espalhou por várias partes do país a oeste do Rio Níger e parte do Norte. Em 1893, os missionários da primitiva Igreja Metodista chegaram de Fernando Po, uma ilha na costa sul da Nigéria. De lá, a Igreja Metodista se espalhou para outras partes do país, a leste do Rio Níger e também para partes do Norte. A igreja a oeste do Rio Níger e parte do Norte era conhecida como distrito ocidental da Nigéria e a leste do Níger e outra parte do Norte como distrito oriental da Nigéria. Ambos existiram independentemente um do outro até 1962, quando constituíram a Conferência da Igreja Metodista Nigéria. A conferência é composta por sete distritos. A igreja continuou a se espalhar por novas áreas e estabeleceu um departamento de evangelismo/evan-gelismo e nomeou um diretor de evangelismo. Um sistema episcopal adotado em 1976 não foi totalmente aceito por todas as seções da igreja até que os dois lados se reuniram e resolveram encerrar o desacordo. Uma nova constituição foi ratificada em 1990. O sistema ainda é episcopal, mas os pontos que causaram descontentamento foram alterados para serem aceitáveis para ambos os lados.
a Igreja Metodista Nigéria (MCN) tem estado na vanguarda da transformação espiritual e social, espalhando santidade espiritual e investindo em serviços de saúde médica e bem-estar social-econômico do povo. A Igreja estabeleceu várias instituições como o centro de hanseníase, três centros de doentes mentais e um centro de orfanato para crianças órfãs por HIV/AIDS. Esses centros alcançam os membros rejeitados e menos privilegiados da sociedade. Eles também garantem a reintegração daqueles anteriormente tratados como pária e submetidos a vários abusos sociais. Na área da saúde, a MCN estabeleceu o Hospital Wesley Guild e vários hospitais metodistas espalhados pelo país que fornecem bons serviços de saúde em seus ambientes. Além de todos os outros serviços MCN tem desde o início colocou uma ênfase muito forte na necessidade de educação. Em todo o país, a Igreja estabeleceu inúmeras escolas, desde o jardim de infância até as escolas secundárias e instituições teológicas que produziram homens e mulheres que contribuíram e ainda estão contribuindo muito significativamente para todas as esferas do esforço humano. A decisão agora foi tomada para estabelecer a Wesley University of Science and Technology (Wusto) em Ondo, Área Sudoeste da Nigéria, com campi satélites nas seis zonas geopolíticas do país.
a Igreja Metodista Nigéria é chefiada pelo prelado, que preside a conferência, o corpo governante geral da Igreja. Esta conferência reúne-se a cada dois anos para deliberar e tomar decisões sobre todas as questões que afetam a vida da Igreja. A área da conferência é dividida em oito arquidioceses. Cada Arquidiocese é composta por pelo menos quatro dioceses sobre as quais um arcebispo preside nas reuniões do Conselho Arquidiocesano. Existem 44 dioceses, cada uma composta por uma série de circuitos e chefiada por um bispo que preside o Sínodo anual. A Constituição da Igreja prevê a participação leiga na liderança da igreja desde a igreja local até o nível da conferência.