Kristendommen ble etablert I Nigeria med ankomsten I 1842 Av En Wesleyan Methodist Church misjonær. Han hadde kommet som svar på forespørselen om misjonærer av ex-slaver som kom tilbake til Nigeria fra Sierra Leone. Fra misjonsstasjonene etablert I Badagry Og Abeokuta, Metodistkirken spredt seg til ulike deler av landet vest For Elven Niger og en del av nord. I 1893 kom misjonærer Fra Den Primitive Metodistkirken Fra Fernando Po, en øy utenfor Nigerias sørkyst. Derfra Spredte Metodistkirken seg til andre deler av landet, øst for Elven Niger og også til deler av nord. Kirken vest For Elven Niger og deler av nord var Kjent Som Det Vestlige Nigeria-Distriktet og øst For Niger og en annen del av nord som Det Østlige Nigeria-Distriktet. Begge eksisterte uavhengig av hverandre til 1962 da De utgjorde Konferansen Til Methodist Church Nigeria. Konferansen består av syv distrikter. Kirken har fortsatt å spre seg til nye områder og har etablert en avdeling for outreach/evan-gelism og utnevnt en leder for evangelisering. Et bispesystem vedtatt i 1976 ble ikke fullt ut akseptert av alle deler av kirken før de to sidene kom sammen og besluttet å avslutte uenigheten. En ny grunnlov ble ratifisert i 1990. Systemet er fortsatt episkopalt, men poengene som forårsaket misnøye ble endret for å være akseptable for begge sider.
Metodistkirken Nigeria (MCN) har vært i forkant av åndelig og sosial transformasjon, ved å spre åndelig hellighet og investere i medisinsk-helsetjenester og sosialøkonomisk velferd for folket. Kirken har etablert ulike institusjoner som leprosy centre, tre psykisk syke nødlidende sentre, og et barnehjem senter, for barn foreldreløse AV HIV / AIDS. Disse sentrene når ut til de avviste og mindre privilegerte medlemmene av samfunnet. De sikrer også reintegrering av de som tidligere ble behandlet som utstødte og utsatt for ulike samfunnsmessige overgrep. I området helse MCN har etablert Wesley Guild Hospital og Flere Methodist sykehus spredt over hele landet som gir gode helsetjenester i sine miljøer. I TILLEGG til alle andre tjenester HAR MCN fra begynnelsen lagt stor vekt på behovet for utdanning. Over hele landet har kirken etablert en rekke skoler, fra barnehage til grunnskole til videregående skoler og teologiske institusjoner som har produsert menn og kvinner som har bidratt og fortsatt bidrar svært betydelig til alle områder av menneskelig innsats. Beslutningen er nå tatt for å etablere Wesley University Of Science And Technology (WUSTO) I Ondo, sør-vestlige Delen Av Nigeria, med satellitt studiesteder i de seks geo-politiske soner av landet.
Metodistkirken Nigeria ledes av prelaten, som presiderer over konferansen, kirkens overordnede styrende organ. Denne konferansen møtes annethvert år for å overveie og ta avgjørelser i alle saker som berører kirkens liv. Konferanseområdet er delt inn i åtte erkebispedømmer. Hvert erkebispedømme består av ikke mindre enn fire bispedømmer hvor en erkebiskop presiderer på de erkebispedømmets møter. Det er 44 bispedømmer, som hver består av en rekke kretser og ledes av en biskop som presiderer over den årlige synoden. Kirkens konstitusjon sørger for lekdeltakelse i kirkens ledelse fra den lokale kirke til konferansenivå.