1842年にWesleyan Methodist Churchの宣教師がナイジェリアに到着し、キリスト教が設立されました。 彼はシエラレオネからナイジェリアに戻った元奴隷の宣教師の要求に応じて来ました。 バダグリとアベオクタに設立された伝道所から、メソジスト教会はニジェール川の西と北部の一部に広がった。 1893年、原始メソジスト教会の宣教師がナイジェリアの南岸沖のフェルナンド-ポー島から到着した。 そこからメソジスト教会は、ニジェール川の東、また北の部分に、国の他の部分に広がった。 ニジェール川の西と北の一部は西ナイジェリア地区と呼ばれ、ニジェールの東と北の別の部分は東ナイジェリア地区と呼ばれていました。 両者は1962年にメソジスト教会の会議を構成するまで互いに独立して存在していた。 この会議は7つの地区で構成されている。 教会は新しい分野に広がり続けており、アウトリーチ/エヴァン-ゲル主義のための部門を設立し、伝道のディレクターを任命しました。 1976年に採択された聖公会制度は、双方が集まり、不一致を終わらせることを決議するまで、教会のすべてのセクションで完全に受け入れられませんでした。 1990年に新憲法が批准された。 この制度は依然として聖公会であるが、不満の原因となった点は双方に受け入れられるように改正された。
メソジスト教会ナイジェリア（MCN）は、精神的な聖さを広め、人々の医療-保健サービスと社会-経済福祉に投資することによって、精神的および社会的変革の 教会は、ハンセン病センター、三つの精神障害者センター、HIV/エイズによって孤児となった子供のための孤児院センターのような様々な機関を設立しています。 これらのセンターは、社会の拒否され、あまり特権のメンバーに手を差し伸べる。 彼らはまた、以前に追放され、様々な社会的虐待を受けた人々の社会復帰を確実にします。 健康の区域ではMCNは環境のよいヘルスケアサービスを提供する国に広がるWesleyギルドの病院および複数のMethodistの病院を確立した。 他のすべてのサービスに加えて、MCNは最初から教育の必要性に非常に強い重点を置いています。 全国の教会は、幼稚園から小学校、高等学校、神学機関まで、数多くの学校を設立しており、人間の努力のすべての分野に貢献し、依然として非常に大きく貢献している男性と女性を輩出しています。 ナイジェリア南西部のオンドにウェズリー科学技術大学（WUSTO）を設立することが決定され、国の六つの地理政治ゾーンに衛星キャンパスが設置されました。
メソジスト教会ナイジェリアは、教会の全体的な統治機関である会議を主宰する高位聖職者によって率いられています。 この大会は，教会の生活に影響を与えるすべての問題について審議し，決定を下すために隔年で開催されます。 会議エリアは8つの大司教区に分かれています。 各大司教区は、大司教が大司教評議会の会議で主宰する四つ以上の教区で構成されています。 44の教区があり、それぞれがいくつかの回路で構成され、毎年の会議を主宰する司教が率いています。 教会の憲法は、地元の教会から会議レベルに至るまで、教会のリーダーシップへの在家の参加を規定しています。