a kereszténységet Nigériában hozták létre egy Wesleyan Metodista Egyház misszionáriusának 1842-es megérkezésével. A Sierra Leonéból Nigériába visszatért volt rabszolgák misszionáriusok iránti kérésére jött. A Badagry-ban és Abeokutában létesített missziós állomásokról a Metodista Egyház az ország különböző részeire terjedt el a Niger folyótól nyugatra és az északi részen. 1893-ban a primitív Metodista Egyház Misszionáriusai érkeztek Fernando Po-ból, Nigéria déli partjainál fekvő szigetről. Innen a Metodista Egyház átterjedt az ország más részeire, a Niger folyótól keletre, valamint az északi részekre is. A Niger folyótól nyugatra fekvő templomot és az északi részét Nyugat-Nigéria körzetnek, a Nigertől keletre, az északi másik részét pedig Kelet-Nigéria körzetnek nevezték. Mindkettő egymástól függetlenül létezett 1962-ig, amikor megalakították a Metodista Egyház Nigériai konferenciáját. A konferencia hét kerületből áll. Az egyház tovább terjedt új területeken, és létrehozott egy osztály outreach / evan-gelism és kinevezett igazgatója evangelizáció. Az 1976-ban elfogadott püspöki rendszert az egyház minden részlege nem fogadta el teljesen, amíg a két fél össze nem jött, és elhatározta, hogy véget vet a nézeteltérésnek. Az új alkotmányt 1990-ben ratifikálták. A rendszer továbbra is püspöki, de az elégedetlenséget okozó pontokat mindkét fél számára elfogadhatónak módosították.
a Metodista Egyház Nigéria (MCN) már az élvonalban a lelki és társadalmi átalakulás, terjesztésével lelki szentség és befektetés az orvosi-egészségügyi szolgáltatások és a társadalmi-gazdasági jólétét az emberek. Az egyház különböző intézményeket hozott létre, mint például a leprás központot, három mentálisan beteg szegény központot és egy árvaházi központot a HIV/AIDS által árva gyermekek számára. Ezek a központok a társadalom elutasított és kevésbé kiváltságos tagjaihoz fordulnak. Biztosítják továbbá a korábban kitaszítottként kezelt és különböző társadalmi visszaéléseknek kitett személyek visszailleszkedését. Az egészségügy területén az MCN létrehozta a Wesley Guild kórházat és számos Metodista kórházat az országban, amelyek jó egészségügyi szolgáltatásokat nyújtanak környezetükben. Az összes többi szolgáltatás mellett az MCN kezdettől fogva nagyon nagy hangsúlyt fektetett az oktatás szükségességére. Az egyház az egész országban számos iskolát hozott létre, az óvodától az Általános iskolán át a középiskolákig és a teológiai intézményekig, amelyek olyan férfiakat és nőket hoztak létre, akik hozzájárultak és ma is igen jelentős mértékben hozzájárulnak az emberi törekvés minden területéhez. A döntés most hozott létre a Wesley University of Science and Technology (WUSTO) Ondo, dél-nyugati részén Nigéria, műholdas Egyetemen a hat geopolitikai zónák az ország.
a Metodista Egyház Nigériát a prelátus vezeti, aki a konferencia elnöke, az egyház általános irányító testülete. Ez a konferencia kétévente ülésezik, hogy megvitassa és döntéseket hozzon minden olyan kérdésben, amely az egyház életét érinti. A konferencia területe nyolc főegyházmegyére oszlik. Minden érsekség legalább négy egyházmegyéből áll, amelyek felett egy érsek elnököl az érsekségi Tanács ülésein. 44 Egyházmegye van, amelyek mindegyike számos körből áll, és élén egy püspök áll, aki az éves szinódus elnöke. Az egyház alkotmánya előírja a laikusok részvételét az egyház vezetésében a helyi egyháztól a konferencia szintjéig.