kristinusko vakiintui Nigeriassa wesleyalaisen Metodistikirkon lähetyssaarnaajan saapuessa vuonna 1842. Hän oli tullut vastauksena Sierra Leonesta Nigeriaan palanneiden entisten orjien pyyntöön saada lähetystyöntekijöitä. Badagryyn ja Abeokutaan perustetuista lähetysasemista metodistikirkko levisi eri puolille maata Nigerjoen länsipuolelle ja osaan Pohjoista. Vuonna 1893 primitiivisen Metodistikirkon lähetyssaarnaajat saapuivat Fernando Pon saarelta Nigerian etelärannikolta. Sieltä metodistikirkko levisi maan muihin osiin, Nigerjoen itäpuolelle ja myös osiin Pohjoista. Nigerjoen länsipuolinen kirkko ja osa pohjoisesta tunnettiin Länsi-Nigerian Piirikuntana ja itäpuolinen Niger ja toinen osa pohjoisesta Itä-Nigerian Piirikuntana. Molemmat olivat olemassa toisistaan riippumatta vuoteen 1962 asti, jolloin ne muodostivat Metodistikirkon Nigerian konferenssin. Konferenssiin kuuluu seitsemän piiriä. Kirkko on jatkanut levittäytymistään uusille alueille ja on perustanut etsivän / evan-gelismin osaston ja nimittänyt evankelioimisen johtajan. Vuonna 1976 käyttöön otettua episkopaalista järjestelmää ei täysin hyväksytty kirkon kaikissa osissa, ennen kuin osapuolet tulivat yhteen ja päättivät lopettaa erimielisyydet. Uusi perustuslaki ratifioitiin vuonna 1990. Järjestelmä on edelleen episkopaalinen, mutta tyytymättömyyttä aiheuttaneita kohtia muutettiin niin, että molemmat osapuolet voivat hyväksyä ne.
metodistikirkko Nigeria (MCN) on ollut hengellisen ja sosiaalisen muutoksen eturintamassa levittämällä hengellistä pyhyyttä ja panostamalla terveyspalveluihin ja ihmisten sosiaalis-taloudelliseen hyvinvointiin. Kirkko on perustanut erilaisia laitoksia, kuten spitaalikeskuksen, kolme mielisairaiden puutteenalaista keskusta ja lastenkotikeskuksen HIV: n/aidsin orvoiksi jääneille lapsille. Nämä keskukset tavoittavat yhteiskunnan hylätyt ja vähemmän etuoikeutetut jäsenet. Niillä varmistetaan myös niiden ihmisten sopeuttaminen uudelleen yhteiskuntaan, joita on aiemmin kohdeltu hylkiöinä ja jotka ovat joutuneet erilaisten yhteiskunnallisten väärinkäytösten kohteeksi. Terveyden alalla MCN on perustanut Wesley Guild Hospitalin ja useita Metodistisairaaloita ympäri maata, jotka tarjoavat hyviä terveyspalveluja ympäristöissään. Kaikkien muiden palveluiden lisäksi MCN on alusta asti painottanut voimakkaasti koulutuksen tarvetta. Kautta maan kirkko on perustanut lukuisia kouluja lastentarhasta ala-asteen Ylempiin lukioihin ja teologisiin laitoksiin, jotka ovat tuottaneet miehiä ja naisia, jotka ovat osallistuneet ja osallistuvat edelleen hyvin merkittävästi kaikkiin inhimillisen pyrkimyksen aloihin. Nyt on päätetty perustaa Ondoon Nigerian lounaisosaan Wesley University of Science and Technology (WUSTO), jolla on satelliittikampukset maan kuudella geopoliittisella vyöhykkeellä.
Metodistikirkon Nigeriaa johtaa prelaatti, joka johtaa konferenssia, kirkon yleistä hallintoelintä. Konferenssi kokoontuu joka toinen vuosi pohtimaan ja tekemään päätöksiä kaikista kirkon elämään vaikuttavista asioista. Konferenssialue on jaettu kahdeksaan arkkihiippakuntaan. Jokainen arkkihiippakunta koostuu vähintään neljästä hiippakunnasta, joiden puheenjohtajana toimii arkkihiippakunnan kirkolliskokouksissa arkkipiispa. Hiippakuntia on 44, joista jokainen koostuu useista piireistä ja joita johtaa vuosittain pidettävän synodin puheenjohtajana toimiva piispa. Kirkon perustuslaissa säädetään maallikkojen osallistumisesta kirkon johtamiseen paikallisesta kirkosta kokoustasolle.