Antes de encontrar el amor con Thomas Arklie, Pauley Perrette se casó con el actor y músico Francis «Coyote» Shivers en 2000, pero su relación tomó un giro oscuro y la pareja se divorció en 2004. Perrette informó que Shivers la acechaba y emitió órdenes de restricción formales contra él (por personas). «Tengo una orden de restricción permanente, pero eso solo puede hacer mucho», dijo en una entrevista de 2018 con» 48 Hours «sobre su partida de» NCIS » (a través de Entertainment Weekly).
«El mayor problema que tenemos en este momento es que las leyes de acoso no se han actualizado desde Internet», dijo a «48 Hours», y agregó: «Eso es ridículo porque muchos acosadores usan Internet, esa es su herramienta principal. Hay muchas cosas que tenemos que cambiar, pero especialmente las leyes de acoso en Internet. Perrette también se comprometió brevemente con el camarógrafo Michael Bosman alrededor de 2008, pero no se casaron (según la hoja de trucos del Mundo del Espectáculo).
En cuanto a Arklie, junto con apoyar a Perrette en su lucha por los derechos de los homosexuales, también es un ex marine británico y un actor por derecho propio. Su perfil de IMDb enumera algunos créditos de actuación, pero es más conocido por sus papeles en «Melrose Place» (1992) y «Heaven’s a Drag» (1994). No ha tenido ningún crédito de actuación desde los años 90, y parece que él y Perrette eligen mantener los detalles de su relación fuera de los titulares. Y aunque puede que no haya terminado en matrimonio, parece que las cosas no terminaron tan dramáticamente como lo hizo la relación de Perrette con Shivers, afortunadamente para ambos.