înainte de a găsi dragostea cu Thomas Arklie, Pauley Perrette s-a căsătorit cu actorul și muzicianul Francis „Coyote” Shivers în 2000, dar relația lor a luat o întorsătură întunecată, iar cuplul a divorțat în 2004. Perrette a continuat să raporteze că Shivers a urmărit-o și a luat ordine formale de restricție împotriva lui (pe oameni). „Am un ordin de restricție permanent, dar acestea pot face doar atât de mult”, a spus ea într-un interviu din 2018 cu „48 Hours” despre plecarea ei din „NCIS” (prin Entertainment Weekly).
„cea mai mare problemă pe care o avem acum este că legile de urmărire nu au fost actualizate de la internet”, a spus ea pentru „48 de ore”, adăugând: „este ridicol, deoarece o mulțime de urmăritori folosesc internetul, acesta este instrumentul lor principal. Sunt multe lucruri pe care trebuie să le schimbăm, dar mai ales legile de urmărire pe internet.”Perrette a fost, de asemenea, logodit pe scurt cu cameramanul Michael Bosman în jurul anului 2008, dar nu s-au căsătorit (pe foaie de înșelăciune din Showbiz).
Cât despre Arklie, alături de sprijinirea Perrette în lupta ei pentru drepturile homosexualilor, el este, de asemenea, un fost Marine britanic și un actor în sine. Profilul său IMDb enumeră câteva credite de actorie, dar este cel mai cunoscut pentru rolurile sale Din „Melrose Place” (1992) și „Heaven’ s a Drag” (1994). El nu a avut niciun credit de actorie din anii ’90 și se pare că el și Perrette aleg să păstreze detaliile relației lor în afara titlurilor. Și, deși s-ar putea să nu se fi încheiat în căsătorie, se pare că lucrurile nu s-au încheiat la fel de dramatic ca relația lui Perrette cu Shivers, din fericire pentru amândoi.