Bevor Pauley Perrette im Jahr 2000 die Liebe zu Thomas Arklie fand, heiratete sie den Schauspieler und Musiker Francis „Coyote“ Shivers, aber ihre Beziehung nahm eine dunkle Wendung und das Paar ließ sich 2004 scheiden. Perrette fuhr fort zu berichten, dass Shivers sie verfolgte und formelle einstweilige Verfügungen gegen ihn erließ (per People). „Ich habe eine dauerhafte einstweilige Verfügung, aber diese kann nur so viel tun“, sagte sie 2018 in einem Interview mit „48 Hours“ über ihren Abschied von „NCIS“ (über Entertainment Weekly).
„Das größte Problem, das wir derzeit haben, ist, dass die Stalking-Gesetze seit dem Internet nicht mehr aktualisiert wurden“, sagte sie zu „48 Hours“ und fügte hinzu: „Das ist einfach lächerlich, weil viele Stalker das Internet nutzen, das ist ihr Hauptwerkzeug. Es gibt eine Menge, die wir ändern müssen, aber vor allem Internet-Stalking-Gesetze.“ Perrette war auch kurz mit dem Kameramann Michael Bosman um 2008 verlobt, aber sie gingen nicht auf mi (per Showbiz Spickzettel).
Arklie unterstützt Perrette nicht nur in ihrem Kampf für Schwulenrechte, sondern ist auch ein ehemaliger britischer Marine und selbst Schauspieler. Sein IMDb-Profil listet einige Schauspielkredite auf, aber er ist am bekanntesten für seine Rollen in „Melrose Place“ (1992) und „Heaven’s a Drag“ (1994). Er hat seit den 90ern keine Schauspielkredite mehr, und es scheint, dass er und Perrette sich beide dafür entscheiden, die Details ihrer Beziehung aus den Schlagzeilen herauszuhalten. Und obwohl es vielleicht nicht in der Ehe geendet hat, Es sieht so aus, als ob die Dinge nicht so dramatisch endeten wie Perrettes Beziehung zu Shivers, zum Glück für beide.