La scena fa parte del ciclo delle Storie di Gesù e, come le altre, mostra più di un episodio contemporaneamente. Il fregio reca l’iscrizione REPLICATIO LEGIS EVANGELICAE A CHRISTO (‘Ripetizione della legge evangelica da parte di Cristo’). La cena è collocata in un’abside semicircolare, con una tavola a ferro di cavallo al cui centro siede Gesù, gli apostoli al suo fianco. Giuda, come al solito, è raffigurato di lato, da dietro; il gatto e il cane che combattono sono elementi che sottolineano ulteriormente la sua connotazione negativa. La scena mostra il momento immediatamente dopo l’annunciazione di Gesù che un apostolo lo avrebbe tradito. Le reazioni dei suoi ascoltatori includono toccarsi il petto o borbottare l’un l’altro.
La tavola non ha pasti, ma un solo calice davanti a Gesù; in primo piano sono esposte alcune stoviglie dorate o argentate, esempio di natura morta ispirata alla pittura fiamminga contemporanea e diffusa nell’arte fiorentina dell’epoca. Ai lati, sono due coppie di figure che vestono abiti ricchi. Un altro cane sta saltando a sinistra.
All’interno delle tre finestre dietro il tavolo si trovano tre scene della Passione: la Preghiera al Getsemani, l’arresto di Gesù e la Crocifissione. Questi sono attribuiti da alcune autorità a Biagio d’Antonio. Perugino ha usato lo stesso effetto panel-within-a-panel nella sua ultima Cena.