Fact Check: I fatti-e le lacune-sull’origine del Coronavirus

Un anno e mezzo nella pandemia di COVID-19 — e con un bilancio delle vittime che si avvicina a 4 milioni di vite — come il coronavirus è venuto a innescare un flagello globale rimane sconosciuto. È stato il risultato di una ricaduta da un animale a un essere umano, come è accaduto più volte in passato? O il virus è scappato accidentalmente da un laboratorio vicino a Wuhan?

La risposta predefinita per la maggior parte degli scienziati è stata che il virus, SARS-CoV-2, probabilmente ha fatto il salto agli esseri umani dai pipistrelli, se si trattava di uno spillover diretto — o, più probabilmente, attraverso uno o più mammiferi intermedi. Questo è quello che è successo con i coronavirus responsabili di SARS e MERS, e tali eventi zoonotici sono tariffa standard per gli agenti patogeni emergenti.

Ma senza l’identificazione di un virus quasi identico in un pipistrello o in un altro animale, gli scienziati non possono essere completamente certi. Entrare in quel vuoto è la speculazione che un virus naturale o manipolato in laboratorio potrebbe aver inavvertitamente infettato un ricercatore, che poi lo ha diffuso ad altri.

Negli ultimi mesi, la considerazione della cosiddetta ipotesi di perdita di laboratorio ha apparentemente guadagnato slancio. A maggio, un gruppo di scienziati 18 ha scritto una lettera sulla rivista Science criticando l’indagine dell’Organizzazione mondiale della sanità sulle origini del virus, che aveva stabilito il rilascio in laboratorio “estremamente improbabile.”Le teorie di rilascio accidentale da un laboratorio e spillover zoonotica entrambi rimangono vitali,” il gruppo ha scritto.

Lo stesso mese, due ex giornalisti scientifici del New York Times hanno scritto storie influenti a sostegno dell’idea di fuga dal laboratorio, e gran parte della stampa ha abbracciato la possibilità. Il presidente Joe Biden ha anche annunciato che stava chiedendo agli Stati Uniti intelligence di pubblicare un nuovo rapporto sull’argomento entro la fine di agosto.

Nonostante la maggiore attenzione dei media, poco è cambiato sul terreno. Non ci sono ancora prove credibili che il virus provenga da un laboratorio di Wuhan, in Cina, dove è iniziata la pandemia. Allo stesso tempo, uno spillover naturale da un animale a un essere umano — lo scenario ampiamente considerato come più probabile — non è ancora stato dimostrato.

Per alcuni scienziati, la mancanza di prove su come sia emerso il SARS-CoV-2 ha significato poco può essere concluso in entrambi i casi.

Jesse Bloom, un biologo computazionale che studia i virus presso il Fred Hutchinson Cancer Research Center e l’autore principale della lettera in Science che chiede un’indagine più rigorosa, ci ha detto in una e-mail che ha trovato zoonosi naturale e scenari di incidente di laboratorio che coinvolgono un ricercatore essere infettato da un “virus raccolto naturale” o “sperimentare e possibilmente crescere o modestamente modificare un virus raccolto naturalmente” tutti plausibili.

“Non penso che ci siano prove sufficienti per stimare le probabilità relative per questi scenari”, ha detto.

Ma per molti altri, i dati esistenti si inclinano fortemente verso uno spillover naturale.

“sebbene sia gli scenari di laboratorio che quelli naturali siano possibili, non sono ugualmente probabili — la precedenza, i dati e altre prove favoriscono fortemente l’emergere naturale come teoria scientifica altamente probabile per l’emergere di SARS-CoV-2, mentre la perdita di laboratorio rimane un’ipotesi speculativa basata su congetture”, Kristian G. Andersen, professore di immunologia e microbiologia presso Scripps Research, ha detto

“Ci sono ancora lacune che devono essere colmate, ma penso che le prove che abbiamo in questo momento indichino uno scenario animale-umano”, ci ha detto Stephen Goldstein, un virologo evolutivo dell’Università dello Utah che ha studiato i coronavirus per la maggior parte dell’ultimo decennio.

Analizzeremo alcuni degli argomenti dell’ipotesi delle perdite di laboratorio e spiegheremo perché la maggior parte degli scienziati sospetta ancora un’origine naturale.

Wuhan Lab Leak Theories

La premessa di base dell’ipotesi delle perdite di laboratorio è che nel corso della ricerca, uno scienziato è stato infettato da SARS-CoV-2 e ha proceduto a diffonderlo ad altri, dando il via alla pandemia.

Teoricamente, ciò potrebbe includere un’infezione involontaria o intenzionale con un virus naturale raccolto sul campo o un virus ingegnerizzato o altrimenti manipolato in laboratorio. (Ci concentreremo sugli scenari accidentali, in quanto questi sono quelli considerati più probabili.)

Come spiegheremo, non ci sono prove reali per questi scenari di origine di laboratorio-e alcuni scienziati sono fermamente convinti che quello ingegnerizzato sia un non — starter-ma non sono stati esclusi.

A sostegno di loro, molte persone si chiedono perché nessun animale intermedio è stato ancora identificato e indicano la vicinanza di un laboratorio di coronavirus superiore presso l’Istituto di Virologia di Wuhan, che si trova a circa mezz’ora di auto dal mercato del pesce di Huanan che era collegato a molti dei primi casi di COVID-19 a dicembre 2019.

WIV ospita un laboratorio diretto da Shi Zhengli, una virologa famosa per il suo lavoro che rintraccia le origini dei pipistrelli dell’ultima epidemia di coronavirus. Il suo laboratorio è specializzato nel raccogliere coronavirus sul campo e poi studiarli per capire il loro potenziale per la creazione di pandemie.

Il laboratorio ha realizzato virus chimerici che mescolano e corrispondono a diversi elementi per capire meglio cosa è necessario per infettare le cellule umane — che alcune persone considerano esperimenti di guadagno-of-function, sebbene Shi non lo faccia. Come abbiamo scritto, non esiste un’unica definizione di guadagno di funzione, ma in questo contesto si riferisce tipicamente a modifiche che mirano a rendere un virus più pericoloso o infettivo per studiare potenziali percorsi di malattia.

Shi ha detto a Science che alcune delle sue ricerche sul coronavirus sono state condotte a livello di biosicurezza 2 (BSL-2) — un livello di sicurezza di laboratorio di base che alcuni dicono inadeguato; queste informazioni sono state anche pubblicamente disponibili nelle sezioni dei metodi dei documenti pubblicati.

Ad alimentare i sospetti sul WIV è la rimozione da parte dell’istituto del suo database online di campioni e sequenze di virus a settembre 2019 e la notizia di un rapporto dell’intelligence statunitense secondo cui tre ricercatori WIV si sono ammalati e hanno cercato cure in un ospedale a novembre 2019.

Alcune persone ipotizzano anche che SARS-CoV-2 possa provenire da una miniera abbandonata dove i ricercatori del laboratorio di Shi hanno raccolto campioni di pipistrelli dopo che i lavoratori che rimuovevano il guano di pipistrello si sono ammalati di una malattia respiratoria sconosciuta in 2012 e diversi sono morti. E ‘ stato uno sforzo di campionamento lì che ha alzato RaTG13, il virus bat Shi ha annunciato alla fine di gennaio 2020 che, a 96.2% somiglianza, è il più vicino di tutti i virus noti a SARS-CoV-2 nella sua sequenza genomica complessiva.

Alcuni sostenitori sostengono inoltre che la sequenza genetica di SARS-CoV-2 contiene diverse caratteristiche inaspettate che sono indicative della bioingegneria — e che è curioso che il virus sia stato così adatto a infettare le persone fin dall’inizio.

Alla base di tutte le supposizioni c’è la mancanza di trasparenza e cooperazione della Cina per trovare l’origine del virus, che molti interpretano come incriminante.

Shi, tuttavia, ha negato vigorosamente di avere il virus o uno qualsiasi dei suoi potenziali precursori e afferma che nessuno in laboratorio è risultato positivo al coronavirus, né hanno anticorpi contro di esso. Se questo è vero, allora non c’è modo SARS-CoV-2 è venuto da lei.

Nonostante diverse narrazioni di perdite di laboratorio che affermano che RaTG13 potrebbe essere stato modificato per creare SARS-CoV-2, gli scienziati che studiano i virus non credono che sia possibile. Come altri hanno spiegato prima, il genoma di RaTG13 differisce da SARS-CoV-2 da più di 1.000 nucleotidi, rendendolo troppo diverso per essere stato plausibilmente un progenitore. “RaTG13 è troppo divergente per essere questo virus ancestrale”, ci ha detto David Robertson, capo della genomica virale e della bioinformatica presso l’Università di Glasgow.

Inoltre, Shi dice che c’è solo una sequenza del genoma per RaTG13 in ogni caso-virus vivo non è mai stato isolato dal campione-e che lei ha sempre e solo isolato tre coronavirus pipistrello SARS-correlati.

L’unico modo in cui SARS-CoV-2 potrebbe provenire dal laboratorio, manipolato o meno, è se la struttura fosse in possesso di un virus molto più simile a SARS-CoV-2 rispetto a RaTG13, più esperti ci hanno detto.

” Stimerei almeno il 99%, questo è il minimo. Probabilmente deve essere 99.9% simile a fare quel tipo di interruttore in laboratorio a tutti, ” ha detto Robert F. Garry, un virologo presso la Tulane University School of Medicine. “Non ci sono prove che abbiano qualcosa di simile.”

In un’intervista via email con il New York Times a giugno, Shi ha abbattuto l’idea che avesse eseguito ricerche rischiose sul guadagno della funzione, dicendo che il suo laboratorio non aveva mai condotto esperimenti “che migliorano la virulenza dei virus.”Ha anche detto di non essere a conoscenza di alcun dipendente malato presso l’istituto a novembre 2019, come suggerito da un rapporto dell’intelligence statunitense.

A maggio, il Wall Street Journal ha riportato alcuni dettagli aggiuntivi sui tempi e sul numero di presunti lavoratori malati dal rapporto, incluso il fatto che avevano cercato assistenza in un ospedale; altrimenti, erano le stesse informazioni in una scheda informativa rilasciata dal Dipartimento di Stato il gen. 15, che ha detto che i sintomi dei ricercatori erano ” coerenti sia con COVID-19 che con la comune malattia stagionale.”

La credibilità e il significato della relazione sulle malattie durante la stagione influenzale rimane poco chiara. “Nessuno scienziato ha alcun modo di verificare se questo è vero o no”, ha detto Maciej Boni, professore associato di biologia presso il Centro per le dinamiche delle malattie infettive della Pennsylvania State University.

Nel suo articolo, il Wall Street Journal ha osservato che i funzionari hanno opinioni diverse sulla forza dell’intelligenza e che in Cina è comune visitare l’ospedale per disturbi meno gravi.

Se diverse persone avessero COVID-19 e fossero piuttosto malate, Garry ha detto che significherebbe che centinaia di altre persone avrebbero avuto COVID-19 a qualche altro livello. I lavoratori avrebbero anche generato anticorpi. “Ecco dove arrivano i dati della sieroconversione”, ha detto, riferendosi ai test anticorpali che il WIV dice siano negativi.

Dato che Wuhan aveva un’enorme ondata di influenza in quel momento, ha detto, era probabile che i ricercatori malati avessero l’influenza.

I sospetti hanno anche turbinato intorno ai virus pipistrello gruppo di Shi raccolti da una miniera di rame chiusa a Mojiang, provincia dello Yunnan, con alcuni opining che misteriosa malattia respiratoria letale lavoratori miniera era COVID-19 o una malattia causata da un coronavirus simile e che SARS-CoV-2 potrebbe provenire dalla miniera.

Un campione di pipistrelli raccolto nella miniera, che si trova nel sud-ovest della Cina a circa 1.000 miglia da Wuhan, nel 2013 ha finito per produrre RaTG13, una sequenza parziale di cui è diventata una pubblicazione nel 2016 con un nome diverso. In un addendum di novembre al suo articolo 2020 che descrive RaTG13, Shi ha riferito di aver raccolto altri otto coronavirus correlati alla SARS dalla miniera, che ha descritto in un preprint pubblicato il 21 maggio. Tutti questi virus sono quasi gli stessi e sono solo una corrispondenza 77.6% a SARS-CoV-2, che cade su un ramo separato dell’albero genealogico virale di entrambi SARS-CoV-1, il virus che ha causato la prima epidemia di coronavirus, e SARS-CoV-2.

Alcuni sostengono che sia sospetto che Shi non abbia rivelato le sequenze prima o menzionato le malattie simili alla polmonite o le mie nelle sue pubblicazioni. Shi ha spiegato nel suo addendum che il suo laboratorio aveva testato campioni di siero dai lavoratori malati per i coronavirus correlati alla bat SARS ed erano negativi; li ha riprovati più recentemente per SARS-CoV-2 e anche loro erano negativi. Ha anche notato che tutti i virus erano solo lontanamente correlati a SARS-CoV-1 in base a un controllo iniziale di una singola sequenza genica; RaTG13 è stato sequenziato quasi per intero in 2018 una volta che la tecnologia di sequenziamento nel suo laboratorio era migliorata ed era stata rinominata dal suo ID campione di pipistrelli per “riflettere la specie di pipistrelli, la”Quella sequenza è ciò che Shi è stato in grado di consultare dopo l’identificazione di SARS-CoV-2 all’inizio del 2020.

Nulla sulla storia della miniera sembra anormale, ha detto Garry, definendola una ” distrazione.”Ha aggiunto che non ci sarebbe stato alcun motivo per Shi non segnalare l’identificazione di un virus più simile a SARS-CoV-2 di RaTG13 se ne avesse trovato uno.

” Non avremmo avuto questa conversazione perché avrebbe saputo da quale animale o specie di pipistrello provenisse. E l’origine naturale sarebbe risolta”, ha detto.

In un’intervista con Science a luglio, Shi aveva già condiviso i dettagli sul cambio di nome e spiegato che il suo laboratorio “non ha prestato particolare attenzione” a RaTG13 inizialmente perché non era particolarmente vicino a SARS-CoV-1.

Edward Holmes, un biologo evoluzionista presso l’Università di Sydney, ha detto alla Scienza che la sua spiegazione aveva senso. “Certo, sarebbero stati principalmente interessati ai virus bat strettamente correlati a SARS-CoV not non a un virus bat casuale che è più distante”, ha detto.

Per quanto riguarda il database mancante, WIV ha detto al team dell’OMS che c’era stato un foglio di calcolo online di campioni per uso interno e c’erano stati piani per creare un sistema interattivo, ma a causa di oltre 3.000 attacchi informatici i dati sono stati mantenuti offline.

Fuga di laboratorio possibile, ma improbabile

È possibile, ovviamente, che i cinesi stiano mentendo sul database, i risultati negativi dei test del coronavirus del personale WIV e che WIV o un’altra struttura avesse SARS-CoV-2 o il suo precursore in uno dei suoi laboratori.

Fughe di laboratorio di agenti patogeni pericolosi si sono verificati in passato, tra cui più casi con SARS-CoV-1 in Cina. È tuttavia il caso che non c’è mai stato un incidente di laboratorio che ha scatenato una pandemia o ha portato a un’epidemia di un nuovo agente patogeno, né c’è mai stata una violazione nota al WIV. (Un incidente spesso citato come esempio di un incidente di laboratorio, l’epidemia di influenza del 1977 in Russia, è probabile che sia stato un test vaccinale andato storto, non un rilascio di laboratorio.)

Il team dell’OMS non è stato in grado di verificare in modo indipendente la raccolta di virus o i record di sicurezza del laboratorio, anche se questo non è mai stato il mandato per gli studi sulle origini dell’organizzazione.

Alcuni scienziati vorrebbero tuttavia un’indagine più completa.

Ralph Baric, un epidemiologo e coronavirus ricercatore presso l’Università di North Carolina a Chapel Hill, che in precedenza ha collaborato con Shi ed è stato uno dei firmatari della Scienza lettera criticando il CHE, ci ha detto in una dichiarazione che la struttura genetica di SARS-CoV-2 punti per il virus provenienti naturale popolazioni di animali selvatici, probabilmente pipistrelli, che sono passati da animali all’uomo”, ma che “più ricerca e la trasparenza sono necessarie per definire l’origine della pandemia.”

“Ad esempio, un’indagine rigorosa avrebbe esaminato il livello di biosicurezza in base al quale la ricerca sul coronavirus delle bat è stata condotta presso WIV”, ha aggiunto. “Avrebbe incluso informazioni dettagliate sulle procedure di formazione con i record, le procedure di sicurezza con i record e le strategie che erano in atto per prevenire la fuga accidentale o accidentale.”

Dr. W. Ian Lipkin, epidemiologo della Columbia University e coautore di un influente articolo di Nature Medicine di marzo 2020 che ha trovato “improbabile” che la SARS-CoV-2 sia stata manipolata in laboratorio, ha anche sollevato preoccupazioni sulla sicurezza. Ha detto all’ex giornalista scientifico del New York Times Donald McNeil che era turbato dal fatto che parte del lavoro sul coronavirus di Shi era stato fatto nei laboratori BSL-2.

Nonostante il suggerimento della storia che Lipkin potrebbe non essere più d’accordo con la conclusione del documento di Nature Medicine che il virus non è stato bioingegnerato, ha confermato a FactCheck.org l’ha fatto.

“Ho detto solo che i nuovi virus bat non dovrebbero propagarsi a BSL-2 e che questo ha sollevato preoccupazioni sulla biosicurezza al WIV”, ha detto in una e-mail. “Non rinnego il giornale.”

Da allora ha detto al Washington Post che è possibile che i ricercatori di WIV possano essere stati inconsapevolmente infettati da un coronavirus che non avevano ancora caratterizzato.

Possibile, tuttavia, non significa altrettanto probabile, come Lipkin ha prontamente riconosciuto. E in effetti, anche alcuni che hanno firmato la lettera di Scienza, come Baric, pensano che lo scenario più probabile sia naturale.

Vedendo come la lettera è stata interpretata per sostenere l’ipotesi di fuga di laboratorio, un firmatario, professore Caltech di biologia e bioingegneria Pamela J. Bjorkman, ha fatto marcia indietro da esso.

“Pensavo che la lettera avrebbe avuto l’effetto di richiedere maggiori finanziamenti per la ricerca di virus naturali nei bacini animali, che personalmente ho sempre assunto rappresentano l’origine delle infezioni da SARS-CoV-2 negli esseri umani”, ha scritto in una lettera al podcast di questa settimana in Virologia. “Forse ingenuamente, non avevo previsto che la lettera sarebbe stata utilizzata per promuovere l’ipotesi di origine del laboratorio.”

Marc Lipsitch, professore di epidemiologia presso la Harvard TH Chan School of Public Health e un altro coautore della Science letter, ha anche detto a Vice che la lettera è stata male interpretata come a sostegno dell’ipotesi di fuga di laboratorio invece di essere una richiesta di ulteriori ricerche. Ha sottolineato la mancanza di prove sull’argomento e ha detto alla CNN che l’ipotesi di fuga di laboratorio “non è una teoria marginale” e dovrebbe essere indagata.

Il rovescio della medaglia, ci sono alcuni scienziati che hanno invertito le loro opinioni e ora pensano che un’origine di laboratorio sia più probabile di una naturale.

Ma molti scienziati — specialmente quelli con la maggiore esperienza nei coronavirus — trovano improbabile un’origine di laboratorio, anche se non possono escluderla.

“La ricerca di SARS-CoV-2-come virus circolanti in pipistrelli ferro di cavallo in Cina e sud-est Asiatico, accoppiato con il forte legame dei primi casi di mercati di animali a Wuhan sono molto convincenti prove di SARS-CoV-2 è il risultato di un animale associato di ricaduta molto simile alla SARS”, ha detto Robertson, l’Università di Glasgow virus bioinformatician, che ha studiato come la SARS-CoV-2 potrebbe essersi evoluto. “Su lab-leak, non ci sono prove che SARS-CoV-2 sia fuggito da un laboratorio diverso dalla coincidenza dell’Istituto di Virologia di Wuhan.”

Goldstein, il virologo del coronavirus dell’Università dello Utah, ha accettato.

“Sappiamo che la maggior parte dei primi casi che sono stati raccolti erano direttamente collegati ai mercati di animali a Wuhan. Sappiamo che questi coronavirus legati alla SARS circolano negli animali; sappiamo che le persone sono infettate da questi virus”, ci ha detto, citando uno studio del gruppo di Shi che ha trovato il 2,7% delle persone in un villaggio rurale aveva anticorpi contro virus simili alla SARS, indicando un’infezione passata.

Inoltre, ha detto, uno studio pubblicato su Scientific Reports a giugno ha mostrato la presenza di più specie di mammiferi illegalmente vendute nei mercati umidi di Wuhan tra maggio 2017 e novembre 2019, aggiungendo alla plausibilità di come il trasferimento virale potrebbe essersi verificato.

“E così, un po’ tutti gli ingredienti ci sono, i collegamenti epidemiologici ci sono; le prove scientifiche per il virus che viene ingegnerizzato non reggono affatto”, ha detto.

Garry, il virologo Tulane, ha anche notato gli esempi passati di ricadute naturali, tra cui la SARS; il fatto che i primi quattro casi noti di COVID-19 a Wuhan avessero collegamenti con diversi mercati umidi, come mostrato nel rapporto dell’OMS, e nessun segno che il laboratorio di Shi avesse alcun virus vicino alla SARS — CoV-2.

“Non ci sono prove per una perdita di laboratorio. Niente di scientifico, è solo un’accusa”, ha detto Garry. “Devi pensare che uno dei principali virologi del pianeta fa parte di una grande cospirazione che sta coinvolgendo centinaia di persone.”

Genoma virale quasi certamente non ingegnerizzato

All’inizio della pandemia abbiamo ripetutamente sfatato teorie cospirative infondate che circolano sui social media sulla bioingegneria di SARS-CoV-2.

Ad esempio, ci sono state affermazioni fasulle che il virus contiene “inserimenti” dell’HIV e false affermazioni che il virus è stato creato da un eminente chimico di Harvard che è stato accusato dal Dipartimento di Giustizia il gen. 28, 2020, per aver fatto false dichiarazioni sui suoi legami con la Cina.

Molti scienziati rimangono aperti a una fuga di laboratorio di un virus naturale, ma meno intrattengono l’idea che SARS-CoV-2 sia stato progettato. Anche se questo non può essere escluso del tutto, più esperti coronavirus vista questo come non plausibile.

“Sono completamente fiducioso che il virus non sia stato progettato”, ci ha detto Susan Weiss, ricercatrice del coronavirus dell’Università della Pennsylvania in una e-mail.

Goldstein dell’Università dello Utah ha detto che era “praticamente impossibile”, mentre il dottor Stanley Perlman, ricercatore di coronavirus presso l’Università dell’Iowa, è andato con ” impossibile.”

Nel mese di marzo, un gruppo di scienziati, tra cui Kristian Andersen di Scripps Research e Garry di Tulane, ha pubblicato un articolo su Nature Medicine che pettinato attraverso la sequenza del genoma per eventuali segni di laboratorio armeggiare e ha concluso non ce n’erano.

Inizialmente, i ricercatori erano stati sospettosi che ci fossero elementi che sono stati progettati. Ma a un esame più attento, il gruppo ha respinto tale ipotesi, come abbiamo scritto. (Contrariamente ad alcuni suggerimenti, il documento di Andersen non era solo un pezzo di opinione che non aveva alcun controllo da parte di altri scienziati. Un portavoce di Nature Medicine ha detto FactCheck.org via e-mail che la carta è stata peer-reviewed.)

Anche se gli scienziati usassero metodi che non lascerebbero traccia di manipolazione, come hanno suggerito alcuni fautori di fughe di laboratorio, ciò lascerebbe comunque il problema probabilmente insormontabile di non sapere abbastanza per creare il virus.

“Nessuno saprebbe come farlo”, ha detto Perlman. “Se uno non ha il virus in mano, come si decide di fare questo?”

Recentemente, ci sono state ulteriori speculazioni sul sito di scissione di furin di SARS-CoV-2, che è un punto sulla proteina del picco del virus che viene tagliata dall’enzima furin per attivare il picco e preparare il virus per entrare nelle cellule. Gli esperimenti hanno dimostrato che il sito è necessario per il virus di infettare le cellule polmonari umane e per la trasmissione virale nei furetti. A prima vista, il sito è potenzialmente curioso, in quanto è assente nei coronavirus che sono strettamente correlati alla SARS-CoV-2.

I siti di scissione furina, tuttavia, esistono in molti altri coronavirus, come i coronavirus felini e il virus che causa la MERS. Poiché sequenze simili per il sito di scissione si trovano in altri coronavirus, “la sua presenza non è affatto sospetta o indicativa di manipolazione di laboratorio”, ha detto Robertson.

“Il lignaggio SARS-CoV-2 emerso da è sotto-campionato quindi non sorprende che ci siano alcune proprietà uniche nel suo genoma”, ha aggiunto.

Thomas Gallagher, professore di microbiologia e immunologia alla Loyola University di Chicago che studia i coronavirus, ha anche detto che non pensava che il sito di scissione di furin fosse un segno di ingegneria.

“Alcuni coronavirus hanno naturalmente siti di scissione furina, altri no”, ci ha detto in una e-mail. “Questi siti di scissione evolvono naturalmente sotto varie pressioni selettive naturali. Le pressioni selettive sono spesso potenti, quindi il sito di scissione di furin è un hotspot per la variazione del coronavirus.”

In una storia auto-pubblicata su Medium, in seguito pubblicata sul sito web del Bulletin of the Atomic Scientists, l’ex giornalista del New York Times Nicholas Wade ha azzerato un elemento apparentemente sospetto del sito furin cleavage. Vale a dire, che la sequenza genetica sottostante del sito di scissione del virus sembrava manipolata a causa di due tratti CGG che codificano per l’amminoacido arginina. Poiché il CGG non si trova spesso nei coronavirus, ha sostenuto, invece di evolversi naturalmente, era più probabile che uno scienziato fosse entrato e avesse inserito il sito nel genoma mentre faceva ricerca sul guadagno di funzione.

A sostegno della sua teoria, Wade ha citato David Baltimore, premio Nobel e presidente emerito del CalTech, affermando che il sito di scissione di furin con i suoi codoni di arginina era la “pistola fumante per l’origine del virus” e che ha reso “una potente sfida all’idea di un’origine naturale per SARS2.”

Ma su Twitter, Andersen ha respinto, notando che, sebbene rare, le triplette CGG non sono inaudite nella sequenza genetica di SARS-CoV-2 e vengono utilizzate per codificare l’arginina 3% delle volte. Infatti, alcuni coronavirus felini differiscono lì da SARS-CoV-2 da un solo nucleotide. E ora che il mondo è inondato di sequenze SARS-CoV-2, non c’è alcun segno del virus che sta mutando dall’usare quelle triplette nel sito di scissione, cosa che ci si potrebbe aspettare se la sequenza fosse innaturale.

Informato dei punti di Andersen, Baltimore disse a un giornalista di Nature che era d’accordo sul fatto che il sito avrebbe potuto evolversi naturalmente. FactCheck.org contattato Baltimora pure e in una e-mail ha riconosciuto che “non avrebbe dovuto usare la frase ‘smoking gun’ perché suona così definitivo,” anche se ha aggiunto che non pensava Andersen “sta dando abbastanza credito alla possibilità che il sito di scissione furin aveva un” origine non naturale.”

I virologi, tuttavia, affermano che ci sono molte altre ragioni per cui è incredibilmente improbabile che il sito di scissione di furin sia stato progettato, a partire dal fatto che il sito non è un ottimo sito di scissione.

“Questo è piuttosto brutto; non è scisso in modo molto efficiente da furin”, ha detto Goldstein.

Infatti, ha detto che sulla base di altri coronavirus con siti di scissione simili, è noto che le mutazioni che rendono la sequenza proteica più vicina alla sequenza SARS-CoV-2 finiscono per perdere la capacità di essere tagliata.

“Se stai cercando di inserire un sito di scissione furin,” Goldstein ha detto, “perché scegliere un sito di scissione furin che non è in realtà un sito di scissione furin funzionale in altri virus?”

Inoltre, il sito di scissione esiste come un inserimento nel genoma che rompe stranamente le terzine in quello che viene chiamato un inserimento “out-of-frame”. Qualsiasi scienziato che volesse aggiungere un sito di scissione furin “sarebbe solo plop in bello e pulito,” Goldstein ha detto. “Non so come spiegare da un punto di vista scientifico quanto sia ridicolo, l’idea che si farebbe un inserimento fuori fotogramma. Non ha senso.”

Garry, il virologo di Tulane, era anche sconcertato dal suggerimento che la sequenza del sito di scissione mostrasse che il virus era stato ingegnerizzato. “Quale studente laureato o post doc penserebbe di metterlo fuori cornice? Quella parte non capisco”, ha detto. “Questo, per tutto il mondo, sembra un virus naturale.”

Un’altra linea di speculazione è che invece di uno scienziato che sceglie deliberatamente cosa modificare, il virus è stato trasmesso in serie attraverso cellule umane o un animale. Questo, in teoria, eliminerebbe il requisito per uno scienziato di sapere cosa inserire o modificare. I fautori di perdite di laboratorio spesso citano esperimenti con cellule umane o topi umanizzati come un potenziale modo in cui ciò potrebbe accadere.

Ma Perlman, che ha fatto esperimenti di passaggio coronavirus nei topi, ha detto che non avrebbe funzionato. “La maggior parte delle volte quando prendi i virus e li passi nelle cellule di coltura tissutale, ottieni cellule che crescono molto bene nelle cellule di coltura tissutale e da nessun’altra parte”, ha detto. E i topi umanizzati sono ancora per lo più topi, ha detto, quindi il virus si adatterebbe a crescere meglio nei topi, non negli umani.

“Dovrebbe essere qualcosa di più vicino a un gatto zibetto di palma, che è un animale strano per passarlo”, ha spiegato Perlman.

Avresti anche bisogno di un virus di partenza che sia molto più vicino a SARS-CoV-2 di qualsiasi virus noto, ha detto, e anche allora, il virus con cui finiresti quasi certamente non sarebbe SARS-CoV-2.

Di conseguenza, Perlman ha detto, un tale scenario potrebbe essere tecnicamente possibile, ma è straordinariamente improbabile. Nella sua mente, lo scenario ingegneristico può essere escluso, anche se considerava ancora il rilascio accidentale di un virus naturale come un percorso improbabile, ma possibile.

A complicare ulteriormente gli scenari di perdite di laboratorio è che quando SARS-CoV-2 viene coltivato nelle cellule standard utilizzate per isolare e propagare i virus in laboratorio, il sito di scissione di furin viene spesso perso, come è documentato in più rapporti. Il laboratorio Shi, in particolare, ha utilizzato quelle cellule con ciascuno dei tre coronavirus bat correlati alla SARS che ha isolato con successo in passato.

Alcuni hanno anche sostenuto che SARS-CoV-2 era troppo ben adattato per infettare gli esseri umani all’inizio della pandemia — e che questo potrebbe indicare il disegno umano.

Ma Boni di Penn State ha detto che è una linea di pensiero difettosa.

“Non c’è alcuna garanzia che qualcosa che attraversa debba essere perfettamente adattato o metà adattato o un terzo adattato. Qualunque cosa accada, succede”, ha detto.

La pandemia di influenza suina H1N1 nel 2009, per esempio, ha detto, è stato molto ben adattato per gli esseri umani e decollò molto facilmente e molto rapidamente. “Non è un segno che siano stati bioingegnerizzati”, ha detto Boni.

Un documento che ha co-autore con Robertson in PLOS Biology ha messo insieme la storia evolutiva di SARS-CoV-2 e suggerisce che la capacità del virus di infettare una vasta gamma di mammiferi si è evoluta centinaia di anni fa.

“Questo indicherebbe che il progenitore SARS-CoV-2 non doveva adattarsi molto agli umani, se non del tutto”, ha detto Robertson, perché era già diventato un” virus generalista ” molto tempo fa, anche se ha detto che un animale intermedio potrebbe benissimo essere ancora coinvolto nel trasferimento a un essere umano.

Perché Wuhan?

Per alcuni, è più di una coincidenza che un nuovo focolaio di coronavirus sia iniziato nello stesso luogo del principale laboratorio di ricerca sul coronavirus della Cina.

Ma Wuhan è anche una città di 11 milioni di persone e un hub per il commercio, tra cui il commercio della fauna selvatica.

“Ci sono migliaia e migliaia di mercati grandi e piccoli in una città come Wuhan dove ci sono contatti uomo-animale ogni giorno”, ha detto Boni, che ha trascorso otto anni a fare epidemiologia sul campo in Vietnam. “Questi contatti uomo-animale non sono rari. La gente non fa la spesa a Whole Foods, la gente fa la spesa in questi mercati.”

Quindi, mentre si verificano incidenti di laboratorio-e Boni ha detto che la possibilità dovrebbe essere investigata-“non è paragonabile alla scala del contatto uomo-animale che si ha in una provincia come Hubei dove ci sono 60 milioni di persone e in un giorno medio 5 milioni di quelle persone avrebbero potuto essere in contatto con un animale in un mercato.”

In mancanza di ulteriori informazioni, Boni ha detto che pensava che uno spillover naturale per SARS-CoV-2 fosse” mille volte, un milione di volte più probabile ” di una perdita di laboratorio.

Mancanza di una chiara connessione animale

Tuttavia, è vero che non vi è alcuna prova di una ricaduta naturale, e circa 18 mesi dopo i primi casi di COVID-19 identificati, la mancanza di un animale che ha trasmesso il virus agli esseri umani ha portato alcune persone a chiedersi se ce ne fosse uno.

Dopo tutto, con la prima epidemia di SARS nel 2003, i mammiferi simili a gatti noti come zibetti delle palme sono stati identificati come possibili ospiti intermedi entro diversi mesi e dita più definitivamente entro un anno. E con MERS nel 2012, ci sono voluti circa un anno per scoprire che le persone avevano probabilmente raccolto il virus dai cammelli.

Ma gli esperti ci hanno detto che il ritardo non è inaspettato.

“Non è davvero sorprendente”, ha detto Goldstein. Per uno, a differenza della prima SARS, il mercato legato a molti dei primi casi di COVID-19 è stato rapidamente chiuso, rendendo molto più difficile trovare potenziali animali intermedi lì.

“Devi essere fortunato”, ha detto. “Devi andare al momento giusto. Se vai più tardi, sarà difficile.”

E, come Perlman, ha sottolineato, ” Se fossi illegalmente commercio di animali esotici e sentito la pandemia di SARS-CoV-2 stava per iniziare, la prima cosa che farei è prendere i miei animali esotici e la coda alta.”

” In Cina, non sorprende che gli scienziati non abbiano trovato SARS-CoV-2 in potenziali fonti animali subito dopo l’epidemia umana a Wuhan. Né questo risultato indica che c’è un problema con la teoria dello spillover della fauna selvatica”, ha scritto Christine K. Johnson, direttore dell’EpiCentro per la dinamica delle malattie presso l’Istituto One Health dell’Università della California, Davis ‘ School of Veterinary Medicine, in un editoriale su Scientific American. “Questa è una ricerca difficile che richiede tempo.”

Ci sono stati alcuni sforzi per cercare un intermedio. L’OMS ha riferito che sono stati testati 80.000 campioni di animali selvatici e animali da fattoria provenienti dalla Cina, tutti risultati negativi per SARS-CoV-2. Ma Garry ha detto che la cifra non è così impressionante come potrebbe sembrare.

“80.000 animali sembrano molti, ma molti di questi erano bovini domestici, polli e uccelli e cose del genere che non ci si aspetterebbe di avere SARS-CoV-2”, ha detto. “Quando si arriva effettivamente alle specie che potrebbero averlo, sono forse poche centinaia di campioni al massimo.”

E potrebbe non esserci un intermedio. In entrambi i casi, identificare un virus più vicino nei pipistrelli, che si pensa siano la fonte originale del virus, potrebbe anche richiedere tempo.

Con la SARS, ci sono voluti fino al 2017 per trovare una popolazione di pipistrelli a ferro di cavallo che ospitano virus con tutte le caratteristiche specifiche di SARS-CoV-1 in una grotta nello Yunnan, dimostrando che il virus probabilmente ha avuto origine in quegli animali e quindi probabilmente è passato attraverso gli zibetti per infettare gli esseri umani. Quel lavoro investigativo, ovviamente, è stato fatto da Shi.

“Ci è voluto molto tempo per capire molte di queste infezioni zoonotiche e sospetto che ci vorranno alcuni anni in più”, ha detto Perlman di SARS-CoV-2.

Già, gli scienziati hanno identificato più virus bat che sono strettamente correlati a SARS-CoV-2, incluso RaTG13, sebbene non sia stato trovato alcun virus precursore.

In particolare, gruppi diversi da Shi hanno anche trovato altri tre virus bat, tutti dello Yunnan, che sono identici al 94,5% a SARS-CoV-2. Quando si considera la ricombinazione virale, o l’abitudine virale di scambiare pezzi di materiale genetico, questi sono ancora più strettamente correlati a SARS-CoV-2 rispetto a RaTG13.

L’esistenza di queste sequenze in natura, dicono molti scienziati, rafforza il caso di un’origine naturale, anche se non lo dimostra.

“Una ragionevole speculazione è che ulteriori campionamenti di animali potrebbero identificare sarbecovirus che sono ancora più vicini a SARS-CoV-2, anche alcuni che hanno il sito di scissione di furin”, ha detto Gallagher, aggiungendo che queste scoperte finora offrono “una ragione basata sui dati per cui lo scenario di spillover naturale è favorito.”

È anche possibile che una connessione animale conclusiva si riveli sfuggente.

“Potremmo non ottenere una risposta definitiva”, ha detto Goldstein. “Che purtroppo non è insolito nella scienza. Voglio dire, non conosciamo ancora l’ospite del virus Ebola, che stiamo cercando dal 1976.”

Ottenere una risposta

In effetti, mentre diversi esperti sono ottimisti sul fatto che più campionamenti presenteranno più prove, il percorso completo per come SARS-CoV-2 è entrato nelle persone potrebbe ancora avere alcune lacune.

“Poiché più campionamento è sui pipistrelli a ferro di cavallo, c’è una buona probabilità che troveremo virus animali più vicini a SARS-CoV-2”, ha detto Robertson. “Anche se potremmo non conoscere mai l’esatto percorso di trasmissione, dovremmo essere in grado di comprendere il processo che si è verificato.”

Se viene trovato un serbatoio di animali, Boni ha detto, sarà una prova abbastanza forte che SARS-CoV-2 è venuto da quel serbatoio di animali. “Ma avremo mai una prova definitiva e categorica che non è stata campionata da un ricercatore e poi maltrattata e accidentalmente trapelata? Potremmo non avere mai quella prova diretta al 100%”, ha detto.

Nel caso più chiaro, i ricercatori sarebbero in grado di identificare animali intermedi in prossimità di una popolazione di pipistrelli che trasportano virus simili a SARS-CoV-2 e una minoranza di persone che vivono nella zona avrebbe anche anticorpi al virus, ha detto Boni.

Per alcuni, potrebbe ancora non essere la prova definitiva che il virus non è fuoriuscito da un laboratorio, ma sarebbe molto difficile discutere.

È anche possibile che emergano prove che implicano un laboratorio. Nella sua intervista al New York Times, Kristian Andersen di Scripps ha detto che potrebbero emergere nuove prove che potrebbero spostare la sua opinione per favorire l’ipotesi di fuga di laboratorio. “Ad esempio, qualsiasi prova credibile di SARS-CoV-2 è stata presso l’Istituto di Virologia di Wuhan prima della pandemia — sia in un congelatore, in coltura tissutale o in animali, o prove epidemiologiche di casi di Covid-19 confermati molto precocemente associati all’istituto”, ha affermato.

Gallagher ha anche detto che mentre il rilascio di un virus naturale “sembra molto improbabile”, non aveva abbastanza familiarità con le operazioni del laboratorio Shi per commentare ulteriormente.

“Rimango aperto a nuove scoperte man mano che si presentano”, ha detto. “Ci sono ancora molte incognite e ovviamente, nuove scoperte possono influenzare le mie posizioni.”

Allo stato attuale, tuttavia, alcuni scienziati, pur sostenendo ulteriori indagini, dicono che c’è poco o nessun motivo per sospettare che un laboratorio sia la fonte della SARS-CoV-2 — e concentrarsi troppo sulla possibilità sta diminuendo le possibilità di scoprire cosa è successo.

“Se abbiamo intenzione di ottenere la risposta, dobbiamo farlo con un certo grado di diplomazia,” Dr. Anthony Fauci, il direttore del National Institute of Allergy and Infectious Diseases, ha detto in un podcast con il New York Times. “Perché se vogliamo far parte della squadra che va là fuori e scopre che c’è una connessione con un animale che potrebbe essere stato portato per molte, molte, molte miglia di distanza nei mercati di Wuhan, dovremo farlo in collaborazione con i cinesi.”

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