Vérification des faits: Les faits – et les lacunes – sur l’origine du Coronavirus

Un an et demi après la pandémie de COVID—19 — et avec un bilan approchant les 4 millions de morts – la façon dont le coronavirus en est venu à déclencher un fléau mondial reste inconnue. Était-ce le résultat d’un débordement d’un animal à un humain, comme cela s’est produit à plusieurs reprises dans le passé? Ou le virus s’est-il échappé accidentellement d’un laboratoire voisin à Wuhan?

La réponse par défaut pour la plupart des scientifiques a été que le virus, le SARS-CoV-2, a probablement fait le saut vers les humains à partir des chauves—souris, s’il s’agissait d’un débordement direct – ou, plus probablement, par un ou plusieurs mammifères intermédiaires. C’est ce qui s’est passé avec les coronavirus responsables du SRAS et du MERS, et de tels événements zoonotiques sont la norme pour les agents pathogènes émergents.

Mais sans identification d’un virus presque identique chez une chauve-souris ou un autre animal, les scientifiques ne peuvent en être complètement certains. Entrer dans ce vide est une spéculation selon laquelle un virus naturel ou manipulé en laboratoire pourrait avoir infecté par inadvertance un chercheur, qui le transmettra ensuite à d’autres.

Au cours des derniers mois, la prise en compte de la prétendue hypothèse de fuite en laboratoire a apparemment pris de l’ampleur. En mai, un groupe de scientifiques 18 a écrit une lettre dans la revue Science critiquant l’enquête de l’Organisation mondiale de la Santé sur les origines du virus, qui avait jugé la libération en laboratoire « extrêmement improbable. »Les théories de la libération accidentelle d’un laboratoire et des retombées zoonotiques restent toutes deux viables », a écrit le groupe.

Le même mois, deux anciens journalistes scientifiques du New York Times ont écrit des articles influents soutenant l’idée d’évasion en laboratoire, et une grande partie de la presse a embrassé cette possibilité. Le président Joe Biden a également annoncé qu’il demandait aux États-Unis le renseignement publiera un nouveau rapport sur le sujet d’ici la fin août.

Malgré l’attention accrue des médias, peu de choses ont changé sur le terrain. Il n’existe toujours aucune preuve crédible que le virus provienne d’un laboratoire de Wuhan, en Chine, où la pandémie a commencé. Dans le même temps, un débordement naturel d’un animal à un humain — le scénario largement considéré comme le plus probable — n’a pas encore été prouvé.

Pour certains scientifiques, le manque de preuves sur la façon dont le SARS-CoV-2 est apparu signifie que peu de choses peuvent être conclues d’une manière ou d’une autre.

Jesse Bloom, un biologiste informatique qui étudie les virus au Centre de recherche sur le cancer Fred Hutchinson et l’auteur principal de la lettre dans Science appelant à une enquête plus rigoureuse, nous a dit dans un courriel qu’il trouvait plausibles des scénarios de zoonose naturelle et d’accident de laboratoire impliquant un chercheur infecté par un « virus naturel collecté » ou « expérimentant et éventuellement développant ou modifiant modestement un virus naturellement collecté ».

« Je ne pense pas qu’il existe suffisamment de preuves pour estimer les probabilités relatives de ces scénarios », a-t-il déclaré.

Mais pour beaucoup d’autres, les données existantes s’inclinent fortement vers un débordement naturel.

« si les scénarios de laboratoire et naturels sont possibles, ils ne sont pas également probables — la préséance, les données et autres preuves favorisent fortement l’émergence naturelle en tant que théorie scientifique hautement probable pour l’émergence du SARS-CoV-2, tandis que la fuite en laboratoire reste une hypothèse spéculative basée sur des conjectures », a déclaré Kristian G. Andersen, professeur d’immunologie et de microbiologie à Scripps Research, au New York Times.

« Il y a encore des lacunes à combler, mais je pense que les preuves dont nous disposons actuellement indiquent un scénario animal-humain », nous a déclaré Stephen Goldstein, virologue évolutionniste à l’Université de l’Utah qui a étudié les coronavirus pendant la majeure partie de la dernière décennie.

Nous allons passer en revue certains des arguments de l’hypothèse de fuite en laboratoire et expliquer pourquoi la plupart des scientifiques soupçonnent encore une origine naturelle.

Théories des fuites du laboratoire de Wuhan

La prémisse de base de l’hypothèse des fuites en laboratoire est qu’au cours de la recherche, un scientifique a été infecté par le SARS-CoV-2 et a commencé à le propager à d’autres, déclenchant la pandémie.

Théoriquement, cela pourrait inclure une infection accidentelle ou intentionnelle par un virus naturel collecté sur le terrain ou un virus conçu ou autrement manipulé en laboratoire. (Nous nous concentrerons sur les scénarios accidentels, car ce sont ceux considérés comme les plus probables.)

Comme nous l’expliquerons, il n’y a aucune preuve réelle de ces scénarios d’origine en laboratoire – et certains scientifiques sont catégoriques: celui conçu est un non—démarreur – mais ils n’ont pas été exclus.

À leur appui, de nombreuses personnes se demandent pourquoi aucun animal intermédiaire n’a encore été identifié et soulignent la proximité d’un laboratoire de coronavirus de premier plan à l’Institut de virologie de Wuhan, situé à environ une demi-heure de route du marché des fruits de mer de Huanan qui était lié à bon nombre des premiers cas de COVID-19 en décembre 2019.

WIV abrite un laboratoire dirigé par Shi Zhengli, une virologue célèbre pour ses travaux sur les origines des chauves-souris de la dernière épidémie de coronavirus. Son laboratoire est spécialisé dans la collecte de coronavirus sur le terrain, puis dans leur étude pour comprendre leur potentiel de création de pandémies.

Le laboratoire a fabriqué des virus chimériques qui mélangent et associent différents éléments pour mieux comprendre ce qui est nécessaire pour infecter les cellules humaines — ce que certaines personnes considèrent comme des expériences de gain de fonction, bien que le Shi ne le fasse pas. Comme nous l’avons écrit, il n’existe pas de définition unique du gain de fonction, mais dans ce contexte, il fait généralement référence à des modifications visant à rendre un virus plus dangereux ou infectieux pour étudier les voies potentielles de la maladie.

Shi a déclaré à Science que certaines de ses recherches sur les coronavirus avaient été menées au niveau de biosécurité 2 (BSL-2) — un niveau de sécurité de base en laboratoire que certains disent inadéquat; cette information a également été accessible au public dans les sections méthodes des articles publiés.

La suppression par l’institut de sa base de données en ligne d’échantillons et de séquences de virus en septembre 2019 et la nouvelle d’un rapport des services de renseignement américains selon lequel trois chercheurs du virus sont tombés malades et ont demandé des soins dans un hôpital en novembre 2019 alimentent les soupçons sur le VVE.

Certaines personnes spéculent également que le SARS-CoV-2 pourrait provenir d’une mine abandonnée où des chercheurs du laboratoire de Shi ont collecté des échantillons de chauves-souris après que des travailleurs qui retiraient le guano de chauves-souris soient tombés malades d’une maladie respiratoire inconnue en 2012 et que plusieurs soient morts. C’est un effort d’échantillonnage là-bas qui a révélé RaTG13, le virus chauve-souris Shi a annoncé fin janvier 2020 que, avec 96,2% de similitude, il est le virus le plus proche de tous les virus connus du SARS-CoV-2 dans sa séquence génomique globale.

Quelques partisans soutiennent en outre que la séquence génétique du SARS-CoV-2 contient plusieurs caractéristiques inattendues qui indiquent la bioingénierie — et qu’il est curieux que le virus soit si bien adapté pour infecter les gens dès le début.

Sous-jacent à toutes les suppositions est le manque de transparence et de coopération de la Chine pour trouver l’origine du virus, que beaucoup interprètent comme incriminant.

Shi, cependant, a vigoureusement nié avoir le virus ou l’un de ses précurseurs potentiels et dit que personne dans le laboratoire n’a été testé positif pour le coronavirus, ni n’a d’anticorps contre celui-ci. Si c’est vrai, alors il n’y a aucun moyen que le SARS-CoV-2 vienne d’elle.

Malgré plusieurs récits de fuites en laboratoire qui prétendent que RaTG13 aurait pu être modifié pour créer le SARS-CoV-2, les scientifiques qui étudient les virus ne croient pas que ce soit possible. Comme d’autres l’ont déjà expliqué, le génome de RaTG13 diffère du SARS-CoV-2 de plus de 1 000 nucléotides, ce qui le rend trop différent pour avoir vraisemblablement servi de progéniteur. « RaTG13 est trop divergent pour être ce virus ancestral », nous a déclaré David Robertson, responsable de la génomique virale et de la bioinformatique à l’Université de Glasgow.

De plus, Shi dit qu’il n’y a de toute façon qu’une séquence de génome pour RaTG13 — le virus vivant n’a jamais été isolé de l’échantillon — et qu’elle n’a jamais isolé que trois coronavirus de chauve-souris liés au SRAS.

La seule façon dont le SARS-CoV-2 aurait pu provenir du laboratoire, manipulé ou non, est si l’installation était en possession d’un virus beaucoup plus similaire au SARS-CoV-2 que le RaTG13, nous ont dit plusieurs experts.

« J’estimerais au moins 99%, c’est le minimum. Il doit probablement être similaire à 99,9% pour faire ce genre de changement dans le laboratoire « , a déclaré Robert F. Garry, virologue à l’École de médecine de l’Université Tulane. « Il n’y a tout simplement aucune preuve qu’ils avaient quelque chose de proche de cela. »

Dans une interview par e-mail avec le New York Times en juin, Shi a rejeté l’idée qu’elle effectuait des recherches risquées sur le gain de fonction, affirmant que son laboratoire n’avait jamais mené d’expériences « qui améliorent la virulence des virus. »Elle a également déclaré qu’elle n’avait connaissance d’aucun employé malade de l’institut en novembre 2019, comme le suggère un rapport du renseignement américain.

En mai, le Wall Street Journal a rapporté quelques détails supplémentaires sur le calendrier et le nombre de travailleurs malades présumés du rapport, y compris qu’ils avaient demandé des soins dans un hôpital; sinon, il s’agissait des mêmes informations dans une fiche d’information publiée par le Département d’État le janvier. 15, qui a déclaré que les symptômes des chercheurs étaient « compatibles à la fois avec COVID-19 et avec une maladie saisonnière commune. »

La crédibilité et l’importance du signalement des maladies pendant la saison de la grippe restent floues. « Aucun scientifique n’a de moyen de vérifier si cela est vrai ou non », a déclaré Maciej Boni, professeur agrégé de biologie au Center for Infectious Disease Dynamics de l’Université d’État de Pennsylvanie.

Dans son article, le Wall Street Journal a noté que les responsables ont des points de vue divergents sur la force des renseignements et qu’en Chine, il est courant de se rendre à l’hôpital pour des affections moins graves.

Si plusieurs personnes avaient eu COVID-19 et étaient très malades, Garry a déclaré que cela signifierait que des centaines d’autres personnes auraient eu COVID-19 à un autre niveau. Les travailleurs auraient également généré des anticorps. « C’est là que les données sur la séroconversion entrent en ligne de compte », a-t-il déclaré, faisant référence aux tests d’anticorps que le WIV dit négatifs.

Étant donné que Wuhan avait une énorme poussée de grippe à l’époque, a-t-il déclaré, il était probable que tous les chercheurs malades avaient la grippe.

Des soupçons ont également circulé autour des virus de la chauve-souris du groupe de Shi collectés dans une mine de cuivre fermée à Mojiang, dans la province du Yunnan, certains estimant que la mystérieuse maladie respiratoire mortelle des travailleurs de la mine était COVID-19 ou une maladie causée par un coronavirus similaire et que le SARS-CoV-2 pourrait provenir de la mine.

Un échantillon de chauve-souris prélevé dans la mine, située dans le sud-ouest de la Chine à environ 1 000 miles de Wuhan, a fini par produire en 2013 du RaTG13, dont une séquence partielle a fait l’objet d’une publication en 2016 sous un nom différent. Dans un addendum de novembre à son article de 2020 décrivant RaTG13, Shi a indiqué qu’elle avait collecté huit autres coronavirus liés au SRAS dans la mine, qu’elle a décrits dans une préimpression publiée le 21 mai. Tous ces virus sont presque identiques et ne correspondent qu’à 77,6% au SARS-CoV-2, tombant sur une branche distincte de l’arbre généalogique viral que le SARS-CoV-1, le virus à l’origine de la première épidémie de coronavirus, et le SARS-CoV-2.

Certains prétendent qu’il est louche que Shi n’ait pas divulgué les séquences plus tôt ou mentionné les maladies de type pneumonie ou les miennes dans ses publications. Shi a expliqué dans son addendum que son laboratoire avait testé des échantillons de sérum des travailleurs malades pour les coronavirus liés au SRAS des chauves-souris et qu’ils étaient négatifs; elle les a testés de nouveau plus récemment pour le SARS-CoV-2 et ils étaient également négatifs. Elle a également noté que tous les virus n’étaient que de loin liés au SARS-CoV-1 sur la base d’un contrôle initial d’une seule séquence de gènes; RaTG13 a été séquencé presque intégralement en 2018 une fois que la technologie de séquençage de son laboratoire s’était améliorée et avait été renommée de son identifiant d’échantillon de chauve-souris pour « refléter l’espèce de chauve-souris, l’emplacement et l’année d’échantillonnage. »C’est cette séquence que Shi a pu consulter suite à l’identification du SARS-CoV-2 début 2020.

Rien dans l’histoire de la mine ne semble anormal, a déclaré Garry, l’appelant une « distraction. »Il a ajouté qu’il n’y aurait aucune raison pour Shi de ne pas signaler l’identification d’un virus plus similaire au SARS-CoV-2 que le RaTG13 si elle en avait trouvé un.

« Nous n’aurions pas cette conversation parce qu’elle aurait su de quel animal ou espèce de chauve-souris il provenait. Et l’origine naturelle serait résolue « , a-t-il déclaré.

Dans une interview accordée à Science en juillet, Shi avait déjà partagé les détails du changement de nom et expliqué que son laboratoire « n’accordait pas une attention particulière » à RaTG13 au départ car il n’était pas particulièrement proche du SARS-CoV-1.

Edward Holmes, biologiste de l’évolution à l’Université de Sydney, a déclaré à Science que son explication avait du sens. « Bien sûr, ils se seraient principalement intéressés aux virus des chauves-souris étroitement liés au SRAS-CoV not et non à un virus aléatoire des chauves-souris plus éloigné », a-t-il déclaré.

En ce qui concerne la base de données manquante, WIV a déclaré à l’équipe de l’OMS qu’il y avait eu une feuille de calcul en ligne d’échantillons à usage interne et qu’il était prévu de créer un système interactif, mais en raison de plus de 3 000 cyberattaques, les données ont été maintenues hors ligne.

Fuite en laboratoire Possible, Mais peu probable

Il est possible, bien sûr, que les Chinois mentent sur la base de données, les résultats négatifs des tests de coronavirus du personnel de WIV et que WIV ou une autre installation avait le SARS-CoV-2 ou son précurseur dans l’un de ses laboratoires.

Des évasions en laboratoire d’agents pathogènes dangereux se sont produites dans le passé, y compris de multiples cas de SARS-CoV-1 en Chine. Il est néanmoins vrai qu’il n’y a jamais eu d’accident de laboratoire qui ait déclenché une pandémie ou conduit à une éclosion d’un nouvel agent pathogène, et qu’il n’y a jamais eu de brèche connue au WIV. (Un incident fréquemment cité comme exemple d’accident de laboratoire, l’épidémie de grippe de 1977 en Russie, est probablement un essai vaccinal qui a mal tourné, et non une sortie en laboratoire.)

L’équipe de l’OMS n’a pas été en mesure de vérifier de manière indépendante la collecte de virus ou les dossiers de sécurité du laboratoire, bien que cela n’ait jamais été le mandat des études sur les origines de l’organisation.

Certains scientifiques aimeraient néanmoins une enquête plus complète.

Ralph Baric, épidémiologiste et chercheur sur les coronavirus à l’Université de Caroline du Nord à Chapel Hill, qui a déjà collaboré avec Shi et a été l’un des signataires de la lettre scientifique critiquant l’OMS, nous a déclaré dans un communiqué que la structure génétique du SARS-CoV-2 « indique que le virus provient des populations sauvages naturelles, très probablement des chauves-souris, qui sont passées des animaux aux humains » mais que « plus d’enquête et de transparence sont nécessaires pour définir l’origine de la pandémie. »

« Par exemple, une enquête rigoureuse aurait examiné le niveau de biosécurité sous lequel la recherche sur le coronavirus des chauves-souris a été menée à WIV », a-t-il ajouté. « Il aurait inclus des informations détaillées sur les procédures de formation avec les dossiers, les procédures de sécurité avec les dossiers et les stratégies qui étaient en place pour prévenir une évasion accidentelle ou accidentelle. »

Dr. W. Ian Lipkin, épidémiologiste à l’Université Columbia et co-auteur d’un article influent sur la médecine de la nature de mars 2020, qui a jugé « improbable » que le SARS-CoV-2 ait été manipulé en laboratoire, a également soulevé des préoccupations concernant la sécurité. Il a déclaré à l’ancien journaliste scientifique du New York Times Donald McNeil qu’il était troublé par le fait qu’une partie du travail de Shi sur le coronavirus avait été effectuée dans des laboratoires BSL-2.

Malgré la suggestion de l’histoire selon laquelle Lipkin pourrait ne plus être d’accord avec la conclusion du journal Nature Medicine selon laquelle le virus n’était pas bio-ingénieur, il a confirmé à FactCheck.org c’est ce qu’il a fait.

« J’ai seulement dit que les nouveaux virus de la chauve-souris ne devraient pas se propager à BSL-2 et que cela soulevait des préoccupations concernant la biosécurité au WIV », a-t-il déclaré dans un courriel. « Je ne désavoue pas le journal. »

Il a depuis déclaré au Washington Post qu’il était possible que les chercheurs de WIV aient été infectés involontairement par un coronavirus qu’ils n’avaient pas encore caractérisé.

Possible, cependant, ne signifie pas tout aussi probable, comme Lipkin l’a facilement reconnu. Et en effet, même certains qui ont signé la lettre scientifique, comme Baric, pensent que le scénario le plus probable est naturel.

Voyant comment la lettre a été interprétée pour étayer l’hypothèse d’une fuite en laboratoire, une signataire, Pamela J. Bjorkman, professeure de biologie et de bioingénierie à Caltech, a reculé.

« Je pensais que la lettre aurait pour effet d’inciter à plus de financement pour la recherche de virus naturels dans les réservoirs animaux, que j’ai personnellement toujours supposé représenter l’origine des infections au SRAS-CoV-2 chez l’homme », a-t-elle écrit dans une lettre au podcast This Week in Virology. « Peut-être naïvement, je ne pensais pas que la lettre serait utilisée pour promouvoir l’hypothèse de l’origine du laboratoire. »

Marc Lipsitch, professeur d’épidémiologie à la Harvard T.H. Chan School of Public Health et autre co-auteur de la lettre scientifique, a également déclaré à Vice que la lettre avait été mal interprétée comme soutenant l’hypothèse de fuite en laboratoire au lieu d’être un appel à plus de recherche. Il a souligné le manque de preuves sur le sujet et a déclaré à CNN que l’hypothèse de la fuite en laboratoire « n’est pas une théorie marginale » et devrait être étudiée.

D’un autre côté, quelques scientifiques ont inversé leurs opinions et pensent maintenant qu’une origine de laboratoire est plus probable qu’une origine naturelle.

Mais de nombreux scientifiques — en particulier ceux qui ont le plus d’expertise dans les coronavirus – trouvent une origine de laboratoire peu probable, même s’ils ne peuvent l’exclure.

« La découverte de virus de type SARS-CoV-2 circulant chez des chauves-souris en fer à cheval en Chine et en Asie du Sud-Est, associée aux liens étroits des premiers cas avec les marchés d’animaux à Wuhan, sont des preuves très convaincantes que le SARS-CoV-2 est le résultat d’un débordement associé à un animal similaire au SRAS », a déclaré Robertson, bioinformaticien viral de l’Université de Glasgow, qui a étudié l’évolution du SRAS-CoV-2. « Sur lab-leak, il n’y a aucune preuve que le SARS-CoV-2 s’est échappé d’un laboratoire autre que la coïncidence de la présence de l’Institut de virologie de Wuhan. »

Goldstein, virologue du coronavirus de l’Université de l’Utah, a accepté.

« Nous savons qu’une majorité des premiers cas qui ont été ramassés étaient directement liés aux marchés d’animaux à Wuhan. Nous savons que ces coronavirus liés au SRAS circulent chez les animaux; nous savons que les gens sont infectés par ces virus « , nous a-t-il déclaré, citant une étude réalisée par le groupe de Shi qui a révélé que 2,7% des habitants d’un village rural avaient des anticorps contre des virus ressemblant au SRAS, indiquant une infection passée.

De plus, a-t-il déclaré, une étude publiée dans Scientific Reports en juin a montré la présence de plusieurs espèces de mammifères vendues illégalement sur les marchés humides de Wuhan entre mai 2017 et novembre 2019, ajoutant à la plausibilité du transfert viral.

« Et donc, tous les ingrédients sont là, les liens épidémiologiques sont là; les preuves scientifiques de l’ingénierie du virus ne tiennent pas du tout », a-t-il déclaré.

Garry, le virologue de Tulane, a également noté les exemples passés de retombées naturelles, y compris le SRAS; le fait que les quatre premiers cas connus de COVID-19 à Wuhan avaient des liens avec différents marchés humides, comme le montre le rapport de l’OMS — et aucun signe que le laboratoire de Shi avait un virus proche du SARS-CoV-2.

« Il n’y a aucune preuve d’une fuite en laboratoire. Rien de scientifique, c’est juste une accusation « , a déclaré Garry. « Vous devez penser que l’un des principaux virologues de la planète fait partie d’un complot majeur impliquant des centaines de personnes. »

Génome viral Presque Certainement pas conçu

Au début de la pandémie, nous avons démystifié à plusieurs reprises les théories du complot sans fondement circulant sur les médias sociaux à propos de la bioingénierie du SARS-CoV-2.

Par exemple, il y avait de fausses allégations selon lesquelles le virus contient des « insertions » de VIH et de fausses allégations selon lesquelles le virus a été créé par un éminent chimiste de Harvard qui a été inculpé par le ministère de la Justice le 1er janvier. 28, 2020, pour avoir fait de fausses déclarations sur ses liens avec la Chine.

De nombreux scientifiques restent ouverts à une fuite en laboratoire d’un virus naturel, mais moins d’entre eux considèrent que le SARS-CoV-2 a été conçu. Bien que cela ne puisse être totalement exclu, plusieurs experts en coronavirus considèrent cela comme invraisemblable.

« Je suis totalement convaincue que le virus n’a pas été conçu », nous a déclaré Susan Weiss, chercheuse sur les coronavirus à l’Université de Pennsylvanie, dans un e-mail.

Goldstein de l’Université de l’Utah a déclaré que c’était « pratiquement impossible », tandis que le DrStanley Perlman, chercheur sur les coronavirus à l’Université de l’Iowa, est allé avec « impossible. »

En mars, un groupe de scientifiques, dont Kristian Andersen de Scripps Research et Garry de Tulane, a publié un article dans Nature Medicine qui a passé au peigne fin la séquence du génome pour détecter tout signe de bricolage en laboratoire et a conclu qu’il n’y en avait aucun.

Au départ, les chercheurs se doutaient qu’il y avait des éléments qui avaient été conçus. Mais après un examen plus approfondi, le groupe a rejeté cette hypothèse, comme nous l’avons écrit. (Contrairement à certaines suggestions, le document d’Andersen n’était pas seulement un article d’opinion qui n’avait pas été examiné par d’autres scientifiques. Un porte-parole de Nature Medicine a déclaré FactCheck.org par courriel que le document a été examiné par des pairs.)

Même si les scientifiques utilisaient des méthodes qui ne laisseraient aucune trace de manipulation, comme l’ont suggéré certains partisans des fuites en laboratoire, cela laisserait toujours le problème sans doute insurmontable de ne pas en savoir assez pour créer le virus.

« Personne ne saurait comment le faire », a déclaré Perlman. « Si on n’a pas le virus en main, comment décidez-vous de le faire? »

Récemment, il y a eu des spéculations supplémentaires sur le site de clivage de la furine du SARS-CoV-2, qui est une tache sur la protéine de pointe du virus qui est coupée par l’enzyme furine pour activer le pic et préparer le virus à entrer dans les cellules. Des expériences ont montré que le site est nécessaire pour que le virus infecte les cellules pulmonaires humaines et pour la transmission virale chez les furets. À première vue, le site est potentiellement curieux, car il est absent chez les coronavirus qui sont étroitement liés au SARS-CoV-2.

Des sites de clivage de la furine existent cependant dans de nombreux autres coronavirus, tels que les coronavirus félins et le virus responsable du MERS. Étant donné que des séquences similaires pour le site de clivage se trouvent dans d’autres coronavirus, « sa présence n’est pas du tout suspecte ni indicative d’une manipulation en laboratoire », a déclaré Robertson.

« La lignée dont a émergé SARS-CoV-2 est sous-échantillonnée, il n’est donc pas surprenant qu’il y ait des propriétés uniques dans son génome », a-t-il ajouté.

Thomas Gallagher, professeur de microbiologie et d’immunologie à l’Université Loyola de Chicago qui étudie les coronavirus, a également déclaré qu’il ne pensait pas que le site de clivage de la furine était un signe d’ingénierie.

« Certains coronavirus ont naturellement des sites de clivage de la furine, d’autres non », nous a-t-il déclaré dans un courriel.  » Ces sites de clivage évoluent naturellement sous diverses pressions sélectives naturelles. Les pressions sélectives sont souvent puissantes, de sorte que le site de clivage de la furine est un point chaud pour la variation du coronavirus. »

Dans une histoire auto-publiée sur Medium, postée plus tard sur le site Web du Bulletin of the Atomic Scientists, l’ancien journaliste du New York Times Nicholas Wade s’est penché sur un élément apparemment suspect du site de clivage furin. À savoir, que la séquence génétique sous-jacente du site de clivage du virus semblait manipulée à cause de deux étirements CGG qui codent pour l’acide aminé arginine. Parce que le CGG n’est pas souvent trouvé dans les coronavirus, a-t-il soutenu, au lieu d’évoluer naturellement, il était plus probable qu’un scientifique soit entré et ait inséré le site dans le génome tout en effectuant des recherches sur le gain de fonction.

À l’appui de sa théorie, Wade a cité David Baltimore, lauréat du prix Nobel et président émérite de CalTech, affirmant que le site de clivage de la furine avec ses codons d’arginine était le « pistolet fumant pour l’origine du virus » et qu’il constituait « un puissant défi à l’idée d’une origine naturelle pour les SARS2. »

Mais sur Twitter, Andersen a repoussé, notant que bien que rares, les triplets CGG ne sont pas inconnus dans la séquence génétique du SARS-CoV-2 et sont utilisés pour coder l’arginine 3% du temps. En effet, certains coronavirus félins diffèrent là du SARS-CoV-2 par un seul nucléotide. Et maintenant que le monde est inondé de séquences SARS-CoV-2, il n’y a aucun signe de mutation du virus en utilisant ces triplets au site de clivage, ce à quoi on pourrait s’attendre si la séquence n’était pas naturelle.

Informé des points d’Andersen, Baltimore a déclaré à un journaliste de Nature qu’il était d’accord pour dire que le site aurait pu évoluer naturellement. FactCheck.org a également contacté Baltimore et dans un e-mail, il a reconnu qu’il « n’aurait pas dû utiliser l’expression « arme à feu fumante » parce que cela semble si définitif », bien qu’il ait ajouté qu’il ne pensait pas qu’Andersen « donne suffisamment de crédit à la possibilité que le site de clivage furin ait une origine non naturelle. »

Les virologues, cependant, disent qu’il y a beaucoup d’autres raisons pour lesquelles il est incroyablement peu probable que le site de clivage de la furine ait été conçu, à commencer par le fait que le site n’est pas un très bon site de clivage.

« C’est assez mauvais; il n’est pas clivé très efficacement par furin », a déclaré Goldstein.

En fait, il a dit que sur la base d’autres coronavirus avec des sites de clivage similaires, il est connu que les mutations qui rapprochent la séquence protéique de la séquence SARS-CoV-2 finissent par perdre la capacité d’être coupées.

« Si vous essayez d’insérer un site de clivage de la furine », a déclaré Goldstein, « pourquoi choisiriez-vous un site de clivage de la furine qui n’est pas réellement un site de clivage de la furine fonctionnel dans d’autres virus? »

De plus, le site de clivage existe sous la forme d’une insertion dans le génome qui décompose étrangement les triplets dans ce qu’on appelle une insertion « hors cadre ». Tout scientifique voulant ajouter un site de clivage de la furine « le placerait simplement de manière agréable et propre », a déclaré Goldstein. « Je ne sais pas comment expliquer d’un point de vue scientifique à quel point c’est ridicule, l’idée que vous feriez une insertion hors cadre. Ça n’a tout simplement aucun sens. »

Garry, le virologue de Tulane, a également été déconcerté par la suggestion que la séquence du site de clivage montrait que le virus avait été modifié. « Quel étudiant diplômé ou post-doctorant penserait à le mettre hors cadre? Cette partie, je ne la comprends tout simplement pas « , a-t-il déclaré. « Cela, pour le monde entier, ressemble à un virus naturel. »

Une autre hypothèse est qu’au lieu qu’un scientifique choisisse délibérément ce qu’il faut modifier, le virus a été transmis en série à travers des cellules humaines ou un animal. Cela, en théorie, éliminerait l’obligation pour un scientifique de savoir quoi insérer ou modifier. Les partisans des fuites en laboratoire citent souvent des expériences avec des cellules humaines ou des souris humanisées comme un moyen potentiel de se produire.

Mais Perlman, qui a fait des expériences de passage de coronavirus chez des souris, a déclaré que cela ne fonctionnerait pas. « La plupart du temps, lorsque vous prenez des virus et que vous les transmettez dans des cellules de culture tissulaire, vous obtenez des cellules qui poussent très bien dans des cellules de culture tissulaire et nulle part ailleurs », a-t-il déclaré. Et les souris humanisées sont encore pour la plupart des souris, a-t-il dit, de sorte que le virus s’adapterait mieux à la croissance chez les souris, pas chez les humains.

« Il faudrait que ce soit quelque chose de plus proche d’un chat civette palmier, qui est un animal étrange pour le faire passer », a expliqué Perlman.

Vous auriez également besoin d’un virus de départ beaucoup plus proche du SARS-CoV-2 que de tout virus connu, a-t-il dit, et même dans ce cas, le virus avec lequel vous vous retrouveriez ne serait presque certainement pas le SARS-CoV-2.

En conséquence, a déclaré Perlman, un tel scénario pourrait être techniquement possible mais est extraordinairement improbable. Dans son esprit, le scénario d’ingénierie peut être exclu, bien qu’il considère toujours la libération accidentelle d’un virus naturel comme une voie improbable, mais possible.

Ce qui complique encore les scénarios de fuite en laboratoire est que lorsque le SARS-CoV-2 est cultivé dans les cellules standard utilisées pour isoler et propager les virus en laboratoire, le site de clivage de la furine est fréquemment perdu, comme cela est documenté dans de multiples rapports. Le laboratoire Shi, notamment, a utilisé ces cellules avec chacun des trois coronavirus de chauve-souris liés au SRAS qu’il a isolés avec succès dans le passé.

Certains ont également soutenu que le SARS-CoV-2 était trop bien adapté pour infecter les humains au début de la pandémie — et que cela pourrait indiquer une conception humaine.

Mais Boni de Penn State a dit que c’était une ligne de pensée défectueuse.

« Il n’y a aucune garantie que quelque chose qui traverse doit être parfaitement adapté ou à moitié adapté ou un troisième adapté. Quoi qu’il arrive, arrive « , a-t-il déclaré.

La pandémie de grippe porcine H1N1 en 2009, par exemple, a-t-il dit, était très bien adaptée à l’homme et a décollé très facilement et très rapidement. « Ce n’est pas un signe qu’ils ont été bioingéniés », a déclaré Boni.

Un article qu’il a coécrit avec Robertson dans PLOS Biology a reconstitué l’histoire évolutive du SARS-CoV-2 et suggère que la capacité du virus à infecter un large éventail de mammifères a évolué il y a des centaines d’années.

« Cela indiquerait que le progéniteur du SARS-CoV-2 n’avait pas beaucoup à s’adapter aux humains, voire pas du tout », a déclaré Robertson, car il était déjà devenu un « virus généraliste » il y a longtemps, bien qu’il ait déclaré qu’un animal intermédiaire pourrait très bien encore être impliqué dans le transfert à un humain.

Pourquoi Wuhan?

Pour certains, c’est plus qu’une coïncidence qu’une nouvelle épidémie de coronavirus ait commencé au même endroit que le premier laboratoire de recherche sur les coronavirus de Chine.

Mais Wuhan est aussi une ville de 11 millions d’habitants et une plaque tournante du commerce, y compris du commerce de la faune.

« Il y a des milliers et des milliers de petits et grands marchés dans une ville comme Wuhan où il y a des contacts humains-animaux tous les jours », a déclaré Boni, qui a passé huit ans à faire de l’épidémiologie de terrain au Vietnam.  » Ces contacts homme-animal ne sont pas rares. Les gens ne font pas leurs courses chez Whole Foods, les gens font leurs courses sur ces marchés. »

Ainsi, bien que des accidents de laboratoire se produisent — et Boni a déclaré que la possibilité devrait être étudiée —, cela « ne se compare pas vraiment à l’échelle des contacts homme-animal que vous avez dans une province comme le Hubei où il y a 60 millions de personnes et un jour en moyenne, 5 millions de ces personnes auraient pu être en contact avec un animal sur un marché. »

Faute de plus d’informations, Boni a déclaré qu’il pensait qu’un débordement naturel du SARS-CoV-2 était « mille fois, un million de fois plus probable » qu’une fuite en laboratoire.

Absence de Lien Animal clair

Pourtant, il est vrai qu’il n’y a pas de preuve d’un débordement naturel, et quelque 18 mois après les premiers cas identifiés de COVID-19, l’absence d’un animal qui a transmis le virus à l’homme a conduit certaines personnes à se demander s’il y en avait un.

Après tout, avec la première épidémie de SRAS en 2003, les mammifères félins connus sous le nom de civettes de palmiers ont été identifiés comme hôtes intermédiaires possibles en quelques mois et ont été identifiés de manière plus définitive en un an. Et avec le MERS en 2012, il a fallu environ un an pour découvrir que des personnes avaient probablement contracté le virus chez des chameaux.

Mais les experts nous ont dit que le retard n’était pas inattendu.

« Ce n’est pas vraiment surprenant », a déclaré Goldstein. D’une part, contrairement au premier SRAS, le marché lié à bon nombre des premiers cas de COVID-19 a été rapidement fermé, ce qui a rendu beaucoup plus difficile la recherche d’animaux intermédiaires potentiels.

« Vous devez avoir de la chance », a-t-il dit.  » Il faut y aller au bon moment. Si tu pars plus tard, ça va être dur. »

Et, comme Perlman l’a souligné, « Si je faisais du commerce illégal d’animaux exotiques et que j’apprenais que la pandémie de SARS-CoV-2 était sur le point de commencer, la première chose que je ferais est de prendre mes animaux exotiques et de les mettre en queue haute. »

 » En Chine, il n’est pas surprenant que les scientifiques n’aient pas trouvé de SARS-CoV-2 dans des sources animales potentielles immédiatement après l’épidémie humaine à Wuhan. Ce résultat n’indique pas non plus qu’il existe un problème avec la théorie des retombées sur la faune « , a écrit Christine K. Johnson, directeur de l’ÉpiCentre de la dynamique des maladies au One Health Institute de l’Université de Californie, à l’École de médecine vétérinaire de Davis, dans un éditorial de Scientific American. « C’est une recherche difficile qui prend du temps. »

Il y a eu quelques efforts pour chercher un intermédiaire. L’OMS a indiqué que 80 000 échantillons d’animaux sauvages et d’animaux d’élevage en provenance de Chine avaient été testés, qui se sont tous révélés négatifs pour le SARS-CoV-2. Mais Garry a déclaré que le chiffre n’était pas aussi impressionnant que cela puisse paraître.

« 80 000 animaux, c’est beaucoup, mais beaucoup d’entre eux étaient des bovins domestiques, des poulets, des oiseaux et des choses comme ça qui ne devraient pas avoir le SARS-CoV-2 », a-t-il déclaré. « Quand vous arrivez à l’espèce qui pourrait l’avoir, il s’agit peut-être de quelques centaines d’échantillons tout au plus. »

Et il peut ne pas y avoir d’intermédiaire. De toute façon, l’identification d’un virus plus proche chez les chauves-souris, qui serait la source originale du virus, pourrait également prendre du temps.

Avec le SRAS, il a fallu attendre 2017 pour trouver une population de chauves-souris en fer à cheval hébergeant des virus présentant toutes les caractéristiques spécifiques du SARS-CoV-1 dans une grotte du Yunnan, démontrant que le virus était probablement originaire de ces animaux et était ensuite probablement passé par des civettes pour infecter les humains. Ce travail de détective, bien sûr, a été fait par Shi.

« Il a fallu beaucoup de temps pour comprendre beaucoup de ces infections zoonotiques et je soupçonne que cela prendra encore quelques années », a déclaré Perlman à propos du SARS-CoV-2.

Déjà, les scientifiques ont identifié plusieurs virus de chauve-souris étroitement liés au SARS-CoV-2, y compris le RaTG13, bien qu’aucun virus précurseur n’ait été trouvé.

Notamment, des groupes autres que les Shi ont également trouvé trois autres virus de chauve-souris, tous du Yunnan, qui sont jusqu’à 94,5% identiques au SARS-CoV-2. Lorsqu’on tient compte de la recombinaison virale, ou de l’habitude virale d’échanger des morceaux de matériel génétique, ceux-ci sont encore plus étroitement liés au SARS-CoV-2 que le RaTG13.

L’existence de ces séquences dans la nature, disent de nombreux scientifiques, renforce la thèse d’une origine naturelle, même si elle ne le prouve pas.

« Une spéculation raisonnable est que l’échantillonnage d’animaux supplémentaire pourrait identifier des sarbécovirus encore plus proches du SARS-CoV-2, même certains qui ont le site de clivage de la furine », a déclaré Gallagher, ajoutant que ces découvertes jusqu’à présent offrent « une raison fondée sur des données pour laquelle le scénario de débordement naturel est favorisé. »

Il est également possible qu’une connexion animale concluante s’avère insaisissable.

« Nous n’aurons peut-être pas de réponse définitive », a déclaré Goldstein. « Ce qui n’est malheureusement pas inhabituel en science. Je veux dire, nous ne connaissons toujours pas l’hôte du virus Ebola, que nous recherchons depuis 1976. »

Obtenir une réponse

En effet, alors que plusieurs experts sont optimistes sur le fait qu’un plus grand échantillonnage produira plus de preuves, la voie complète de la façon dont le SARS-CoV-2 est entré dans les gens pourrait encore avoir quelques lacunes.

« Comme il y a plus d’échantillonnage sur les chauves-souris en fer à cheval, il y a de très bonnes chances que nous trouvions des virus animaux plus proches du SARS-CoV-2 », a déclaré Robertson. « Bien que nous ne sachions peut-être jamais la voie exacte de transmission, nous devrions être en mesure de comprendre le processus qui s’est produit. »

Si un réservoir animal est trouvé, a déclaré Boni, ce sera une preuve assez solide que le SARS-CoV-2 provient bien de ce réservoir animal. « Mais aurons-nous jamais une preuve définitive et catégorique qu’elle n’a pas été échantillonnée par un chercheur, puis mal gérée et divulguée accidentellement? Nous n’aurons peut-être jamais cette preuve directe et à 100% « , a-t-il déclaré.

Dans le cas le plus clair, les chercheurs seraient en mesure d’identifier des animaux intermédiaires à proximité d’une population de chauves-souris portant des virus similaires au SARS-CoV-2 et une minorité de personnes vivant dans la région aurait également des anticorps contre le virus, a déclaré Boni.

Pour certains, cela n’est peut-être toujours pas une preuve définitive que le virus n’a pas fui d’un laboratoire, mais il serait très difficile de discuter.

Il est également possible que des preuves impliquent un laboratoire. Dans son interview avec le New York Times, Kristian Andersen de Scripps a déclaré que de nouvelles preuves pourraient émerger qui pourraient changer son opinion en faveur de l’hypothèse de fuite en laboratoire. « Par exemple, toute preuve crédible de SRAS-CoV-2 ayant été à l’Institut de virologie de Wuhan avant la pandémie — que ce soit dans un congélateur, dans une culture de tissus ou chez des animaux, ou des preuves épidémiologiques de cas de Covid-19 confirmés très tôt associés à l’institut », a-t-il déclaré.

Gallagher a également déclaré que bien que la libération d’un virus naturel « semble très improbable », il n’était pas assez familier avec les opérations du laboratoire Shi pour commenter davantage.

« Je reste ouvert aux nouvelles découvertes à mesure qu’elles surviennent », a-t-il déclaré. « Il y a encore beaucoup d’inconnues et bien évidemment, de nouvelles découvertes peuvent influencer mes positions. »

Dans l’état actuel des choses, cependant, certains scientifiques, tout en soutenant une enquête plus approfondie, disent qu’il y a peu ou pas de raison de soupçonner qu’un laboratoire est la source du SRAS-CoV-2 — et se concentrer trop sur la possibilité diminue les chances de découvrir ce qui s’est passé.

« Si nous voulons obtenir la réponse, nous devons le faire avec un certain degré de diplomatie », a déclaré le Dr Anthony Fauci, directeur de l’Institut national des allergies et des maladies infectieuses, dans un podcast avec le New York Times. « Parce que si nous voulons faire partie de l’équipe qui va là-bas et découvre qu’il y a un lien avec un animal qui aurait pu être amené à de très, très, très loin sur les marchés de Wuhan, nous allons devoir le faire en collaboration avec les Chinois. »

Note de la rédaction: Le projet COVID-19 / Vaccination de SciCheck est rendu possible grâce à une subvention de la Fondation Robert Wood Johnson. La fondation n’a aucun contrôle sur nos décisions éditoriales, et les points de vue exprimés dans nos articles ne reflètent pas nécessairement les points de vue de la fondation. L’objectif du projet est d’augmenter l’exposition à des informations précises sur la COVID-19 et les vaccins, tout en réduisant l’impact de la désinformation.