La scène fait partie du cycle des Histoires de Jésus et, comme les autres, montre plus d’un épisode en même temps. La frise porte l’inscription REPLICATIO LEGIS EVANGELICAE A CHRISTO (« Répétition de la Loi évangélique par le Christ »). La cène est placée dans une abside semi-circulaire, avec une table en forme de fer à cheval au centre de laquelle se trouve Jésus, les apôtres à ses côtés. Judas, comme d’habitude, est représenté de côté, de dos; le chat et le chien de combat sont des éléments qui accentuent encore sa connotation négative. La scène montre le moment immédiatement après l’annonciation de Jésus qu’un apôtre le trahirait. Les réactions de ses auditeurs incluent toucher leur propre poitrine, ou marmonner les uns aux autres.
La table n’a pas de repas, mais un seul calice devant Jésus; quelques ustensiles de cuisine dorés ou argentés sont montrés au premier plan, un exemple de nature morte inspiré de la peinture flamande contemporaine et répandu dans l’art florentin à l’époque. Sur les côtés, deux couples de personnages habillent des vêtements riches. Un autre chien saute sur la gauche.
Dans les trois fenêtres derrière la table se trouvent trois scènes de la Passion: la Prière à Gethsémani, l’Arrestation de Jésus et la Crucifixion. Ceux-ci sont attribués par certaines autorités à Biagio d’Antonio. Le Pérugin a utilisé le même effet de panneau dans un panneau dans sa dernière Cène.