i 1856 blev det etableret som et joint venture mellem Methodist Episcopal Church og African Methodist Episcopal Church. Opkaldt efter det 18.århundredes afskaffelse, det var det første private, historisk sorte universitet i USA. Det blev bygget for at støtte afskaffelsesårsagen og tilbyde afroamerikanere en universitetsuddannelse. Mange af dets oprindelige studerende var biraciale børn af sydlige hvide slaveejere.
universitetet blev tvunget til at lukke midlertidigt i 1862, da en række af dets lånere og studerende blev involveret i den amerikanske borgerkrig, støtte og tilslutte sig Unionens hær.
i 1863 erhvervede African Methodist Episcopal Church gennem biskop Daniel A. Paynes indsats ejerskab af universitetet og genåbnede det som et privat universitet. Payne blev universitetets første præsident og den første African American college præsident i USA. I løbet af sine tretten år i stillingen samlede han et mangfoldigt fakultet for at uddanne studerende i undervisning, teologi og lovpraksis.
i 1887 staten Ohio begyndte at hjælpe med at finansiere Vilberforce University og etablerede en kombineret normal og industriel afdeling (som senere skulle blive universitetets søsterskole, Central State University). På grund af statsstøtte blev Teologiafdelingen en separat institution, Payne Theological Seminary.
er i dag et fireårigt, fuldt akkrediteret liberal arts Universitet. Det tilbyder mere end tyve uddannelser og priser Bachelor of Arts, videnskab og Master grader. Det er også et af kun to fireårige universiteter i USA, der inkluderer et obligatorisk kooperativt uddannelsesprogram i dets kandidatkrav. Kollegiet har oplevet en stabil vækst i løbet af de sidste årtier og er medlem af United Negro College Fund, NAIA athletic conference, og deltager i ohiolink library consortium.